RStudio 发现 Python pyenv 安装，但我无法运行 Python 进程

Question

我正在尝试在 RStudio 中运行 Python。我已经通过 pyenv 安装了 Python 3.8.5，并在 RStudio 项目文件夹中使用 pyenv virtualenv （我称之为 venv-Rstudio）创建了一个虚拟环境。根据here给出的说明，我认为我已经正确地向 RStudio 指示要使用哪个 Python 环境：

>Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/Users/my_username/.pyenv/versions/venv-Rstudio/bin/python")
> py_discover_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      [NOT FOUND]
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  1 2020, 21:50:37)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.5

尝试调用Python时，出现以下错误：

> py_config()
Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'd like to install a Miniconda Python environment.

我怀疑这与上面看到的

libpython: [NOT FOUND]

有关，但我已经确保libpython安装在venv-Rstudio虚拟环境中：

(venv-Rstudio) my_username@MBP15 Rstudio % pip list
Package                Version
---------------------- ---------
...
Keras                  2.4.3
Keras-Preprocessing    1.1.2
libpython              0.2
Markdown               3.2.2
multidict              4.7.6
numpy                  1.18.5
...

有什么想法我可能会错过以及如何解决这个问题吗？我正在运行 macOS 10.15.7 Catalina、RStudio 1.3 和 R 版本 4.0.2。

Answer 1

发布我的问题后，这个问题出现在相关列表中，并且@nucholab的这个答案解决了我的问题。简而言之，使用以下命令使用 pyenv 重新安装 Python 即可启用可共享库：

env PYTHON_CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install 3.8.5 

之后重新创建我的虚拟环境（并作为记录，安装 numpy），在 RStudio 中加载 Python 按预期工作：

> py_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/lib/libpython3.8.dylib
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/andreas/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  2 2020, 13:54:11)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.2
tensorflow:     [NOT FOUND]

NOTE: Python version was forced by RETICULATE_PYTHON

Answer 2

我也遇到了类似的问题，“找不到Python”，但是我尝试了许多推荐的解决方案；以下工作对我有用。

• 按 Windows + 1 打开“设置”。
• 从左侧窗格中选择应用程序。
• 单击已安装的应用程序。
• 向下滚动，直到找到 Python 应用程序。
• 单击旁边的三个点，然后从上下文菜单中选择卸载。

一旦删除了网状虚拟环境中堆栈的Python（在我的例子中是从Microsoft AppStore安装的），您需要运行

library('reticulate')
repl_python()

然后你将在 R 中看到 python 解释器。