使用Bio.SeqIO编写单行FASTA

Question

QIIME 请求此（此处）有关其作为输入接收的 fasta 文件：

The file is a FASTA file, with sequences in the single line format. That is, sequences are not broken up into multiple lines of a particular length, but instead the entire sequence occupies a single line.

Bio.SeqIO.write

当然遵循格式建议，并每 80 bps 分割序列。 我可以写我自己的作家来写那些“单行”斋戒 - 但我的问题是是否有一种方法我错过了让

SeqIO

做到这一点。

Answer 1

BioPython 的

SeqIO

模块使用

FastaIO

子模块以 FASTA 格式进行读写。

FastaIO.FastaWriter

类可以每行输出不同数量的字符，但这部分接口不会通过

SeqIO

公开。您需要直接使用

FastaIO

。

所以不要使用：

from Bio import SeqIO
SeqIO.write(data, handle, format)

用途：

from Bio.SeqIO import FastaIO
fasta_out = FastaIO.FastaWriter(handle, wrap=None)
fasta_out.write_file(data)

或

for record in data:
    fasta_out.write_record(record)

Answer 2

虽然@unode和@hongboZhu都提供了问题的有效答案，但他们使用了

FastaIO

。

SeqIO

（至少现在，在 Python3 中）提供了以您想要的格式编写的功能：

from Bio import SeqIO
SeqIO.write(data, handle, 'fasta-2line')

Answer 3

@unode 回答了问题。我只想补充一点，从今天起，

write_file()

中的

write_record()

和

FastaIO

已标记为“过时”。因此，另一种解决方案是使用

as_fasta_2line()

函数，它将 fasta 记录转换为纯两行字符串。

from Bio.SeqIO import FastaIO
records_list = [FastaIO.as_fasta_2line(record) for record in records]
handle.writelines(records_list)

Answer 4

或者只写文字。

g=open("outfile.fasta",'w')

for x in data:
    g.write(f">{x.description}\n{x.seq}\n")