即使使用 RTools 也无法从源代码安装

Question

另一个从源安装挑战！我没有看到其他类似问题中提到的我的具体问题，所以在这里发帖。

问题：在 R4.2.3 Windows 上使用 RTools 4.2 从源安装软件包失败

• 使用units包，我尝试了

  install.packages('units',type = "source")

  ，并在下面粘贴了错误，以“错误：包'units'编译失败”结尾。
对于 terra，我尝试使用
• install.packages('terra', repos='https://rspatial.r-universe.dev')

   使用最新的开发版本（1.8-0），并通过 Renv 从 Posit 包管理器安装较旧的版本（1.7-78）。具体错误有所不同，但同样以编译失败告终。

我尝试过的事情：

删除旧文件夹后，我确实重新安装了RTools 4.2（最新版本）。对于 terra，我还使用
• OSGeo4W 上的安装程序更新了 GDAL，尽管我相信 RTools 使用自己的 GDAL 版本。
我可以安装二进制文件或跳转到更新的 R 版本，但由于各种原因需要在 4.2.3 上进行源代码编译才能工作。

设置：

R 配置文件只有：
• options(error = NULL)
R 环境有一些密码和 API 密钥，没有任何修改路径的内容
• sys.getenv("PATH")

  中的前两项是

  C:\\rtools42\\x86_64-w64-mingw32.static.posix\\bin;C:\\rtools42\\usr\\bin;

  ，所以看起来就在那里。

我还将 Windows 环境变量设置为 RTOOLS42_HOME C: 工具42 .
• Sys.which("make")

   返回“C:
  tools42\usr in\make.exe”

system("gcc -v") 返回以下内容

Using built-in specs.
COLLECT_GCC=C:\rtools42\X86_64~1.POS\bin\gcc.exe
COLLECT_LTO_WRAPPER=c:/rtools42/x86_64~1.pos/bin/../libexec/gcc/x86_64-w64-mingw32.static.posix/10.4.0/lto-wrapper.exe
Target: x86_64-w64-mingw32.static.posix
Configured with: /root/mxe/tmp-gcc-host-x86_64-w64-mingw32.static.posix/gcc-10.4.0/configure --host=x86_64-w64-mingw32.static.posix --target=x86_64-w64-mingw32.static.posix --build=x86_64-pc-linux-gnu --prefix=/usr/lib/mxe/usr/x86_64-w64-mingw32.static.posix --with-native-system-header-dir=/usr/lib/mxe/usr/x86_64-w64-mingw32.static.posix/include --enable-languages=c,c++,objc,fortran --enable-version-specific-runtime-libs --with-gcc --with-gnu-ld --with-gnu-as --disable-nls --without-libiconv-prefix --disable-shared --disable-multilib --without-x --disable-win32-registry --enable-threads=posix --enable-libgomp --with-gmp=/usr/lib/mxe/usr/x86_64-w64-mingw32.static.posix --with-isl=/usr/lib/mxe/usr/x86_64-w64-mingw32.static.posix --with-mpc=/usr/lib/mxe/usr/x86_64-w64-mingw32.static.posix --with-mpfr=/usr/lib/mxe/usr/x86_64-w64-mingw32.static.posix --enable-libstdcxx-time target_configargs=XCFLAGS=-Wno-format
Thread model: posix
Supported LTO compression algorithms: zlib zstd
gcc version 10.4.0 (GCC) 

详细信息：这是

install.packages('units',type = "source")

 的错误 --terra 有更长（且不同）的错误集：

* installing *source* package 'units' ...
** package 'units' successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation

  **********************************************
  WARNING: this package has a configure script
        It probably needs manual configuration
  **********************************************


** libs
rm -Rf units.dll RcppExports.o udunits.o
g++ -std=gnu++14  -I"C:/PROGRA~1/R/R-42~1.3/include" -DNDEBUG -DUDUNITS2_DIR=0 -I'C:/Users/OPname/AppData/Local/R/win-library/4.2/Rcpp/include'   -I"C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/include"     -O2 -Wall  -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -std=gnu++14  -I"C:/PROGRA~1/R/R-42~1.3/include" -DNDEBUG -DUDUNITS2_DIR=0 -I'C:/Users/OPname/AppData/Local/R/win-library/4.2/Rcpp/include'   -I"C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/include"     -O2 -Wall  -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign  -c udunits.cpp -o udunits.o
g++ -std=gnu++14 -shared -s -static-libgcc -o units.dll tmp.def RcppExports.o udunits.o -ludunits2 -lexpat -LC:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64 -LC:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib -LC:/PROGRA~1/R/R-42~1.3/bin/x64 -lR
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64/libudunits2.a(parser.o):parser.c:(.text+0x14a): undefined reference to `__imp___iob_func'
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64/libudunits2.a(parser.o):parser.c:(.text+0x1fb): undefined reference to `__imp___iob_func'
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64/libudunits2.a(parser.o):parser.c:(.text+0x343): undefined reference to `__imp___iob_func'
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64/libudunits2.a(parser.o):parser.c:(.text+0x97e): undefined reference to `__imp___iob_func'
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64/libudunits2.a(parser.o):parser.c:(.text+0xb0c): undefined reference to `__imp___iob_func'
C:\rtools42\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin/ld.exe: C:\Users\OPname\AppData\Local/R/cache/R/renv/extsoft/lib/x64/libudunits2.a(parser.o):parser.c:(.text+0x1060): more undefined references to `__imp___iob_func' follow
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status
no DLL was created
ERROR: compilation failed for package 'units'
* removing 'C:/Users/OPname/AppData/Local/R/win-library/4.2/units'
* restoring previous 'C:/Users/OPname/AppData/Local/R/win-library/4.2/units'
Warning in install.packages :
 installation of package ‘units’ had non-zero exit status

非常感谢大家！

Answer 1

在 Windows 上从源代码安装的一个好方法是克隆软件包存储库，导航到其下面的一个文件夹并在命令行上运行（并在路径上使用 R），

R CMD INSTALL terra 这应该适用于 R 3.6 及更高版本。

在 Windows 上，如果您使用更新版本的 R，

install.packages('terra', repos='https://rspatial.r-universe.dev')

 将安装开发版本的二进制版本。

所有使用的外部库都附带 RTools，因此 OSGeo4W 不会改变任何内容。在类似 Linux 的系统上安装多个 GDAL/PROJ 库可能会导致问题。