Snakemake远程规则重新读取配置文件？

Question

我正在使用snakemake（v7.22.0）在集群上执行多个作业。我有几个不同版本的工作流程，有时会并行执行，其中涉及更改配置文件（和其他文件）。我的问题是，如果我正确理解了行为，如果我在某些作业开始在集群上运行之前编辑配置文件，那么它们会在编辑后读取配置文件，并使用与原始工作流程时不同的值创造了工作的人就被创造了。特别是，这会更改工作目录，因此相对路径变得不正确。 我根据作业的标准输出看到这一点，它重申了配置，例如

{'workdir': 'workdir1', 'seeds': ...}

但是对于源自同一 Snakemake 会话的不同作业，我得到了不同的“workdir”值。

这确实是snakemake在远程规则中的行为，还是我弄错了？如果是这样，我可以做什么才能更改配置并仍然从所有远程作业获得一致的结果？在我的场景中使用多个配置文件会导致更多人为错误。

提前致谢！

Answer 1

如果不同的工作流程使用不同的配置，我可能会将配置文件拆分为“通用”文件和“工作流程特定”文件。然后，每个版本的工作流程将读取这两个文件。

或者，在配置文件中添加一些条目来指示 Snakemake 使用什么。例如。你的配置文件：

common_option1: foo
common_option2: bar
workflow_A:
    workdir: /some/path
workflow_B:
    workdir: /other/path

然后在工作流程文件版本“A”之上：

WORKFLOW = 'workflow_A'

workdir = config[WORKFLOW]['workdir']

然后在工作流程文件版本“B”之上：

WORKFLOW = 'workflow_B'

workdir = config[WORKFLOW]['workdir']