如何在 R 中绘制两个不同数据集的散点图

Question

我想问如何绘制从两个不同数据集获得的相关值的散点图。

所以我在进行PCA分析之前和之后对预测表达和实际表达进行了分析。 我发现通过进行 PCA 去除噪声后，某些基因的相关性得到了改善。 我想绘制这些值以显示分析前后相关性得到改善。基本上画一条 45 角线并显示分析后的 rho 高于分析 10 基因之前的 rho。 到底有没有这个

我的数据集看起来像：

dput(data)
structure(list(rho_before = c(0.4307495, 0.5960163, 0.5493751, 
0.490663, 0.5255558, 0.4066614, 0.3735131, 0.4254657, 0.3644662, 
0.1835266), rho_pca = c(0.4891171, 0.5352205, 0.6741458, 0.607399, 
0.6842696, 0.4207939, 0.4573174, 0.6284339, 0.7400641, 0.3667239
)), class = "data.frame", row.names = c("gene1", "gene2", "gene3", 
"gene4", "gene5", "gene6", "gene7", "gene8", "gene9", "gene10"
))

谢谢你。

Answer 1

我认为这意味着您想要绘制同一基因的前后值，以证明 PCA 值始终高于“之前”值 - 如果这是错误的解释，请告诉我。

plot(data, xlim = 0:1, ylim = 0:1, pch = 21, bg = "maroon",
     ylab = expression(rho[pca]), xlab = expression(rho[before]))
abline(0, 1)