仅获取文件的一部分

Question

我的 R 工作流程通常是这样的：我打开一个文件，在其中输入 R 命令，并且我想在单独打开的 R shell 中执行这些命令。

最简单的方法是在 R 中输入

source('the-file.r')

。但是，这总是会重新加载整个文件，如果处理大量数据，这可能需要相当长的时间。它还要求我再次指定文件名。

理想情况下，我只想从文件中获取特定行（或多行）（我正在一个无法复制和粘贴的终端上工作）。

source

似乎没有提供此功能。还有其他方法可以实现这一目标吗？

Answer 1

这是仅使用 R 的另一种方法：

source2 <- function(file, start, end, ...) {
    file.lines <- scan(file, what=character(), skip=start-1, nlines=end-start+1, sep='\n')
    file.lines.collapsed <- paste(file.lines, collapse='\n')
    source(textConnection(file.lines.collapsed), ...)
}

Answer 2

使用正确的工具来完成工作......

正如评论中所讨论的，“真正的”解决方案是使用允许获取文件特定部分的 IDE。现有的解决方案有很多：

对于
• NeoVim

  ，有 R.nvim。

对于
• Emacs

  ，有 ESS。

当然还有优秀的独立版

• RStudio IDE。

需要特别注意的是，上述所有解决方案都可以在本地和服务器上运行（例如通过 SSH 连接访问）。 R 甚至可以在 HPC 集群上运行 - 如果设置正确，它仍然可以与 IDE 通信。

…或…

不是

。 如果出于某种原因，上述解决方案都不起作用，这里有一个

一个小模块

[要点]^{可以完成这项工作。不过，我通常不建议使用它。}1

#' (Re-)source parts of a file
#'
#' \code{rs} loads, parses and executes parts of a file as if entered into the R
#' console directly (but without implicit echoing).
#'
#' @param filename character string of the filename to read from. If missing,
#' use the last-read filename.
#' @param from first line to parse.
#' @param to last line to parse.
#' @return the value of the last evaluated expression in the source file.
#'
#' @details If both \code{from} and \code{to} are missing, the default is to
#' read the whole file.
rs = local({
    last_file = NULL

    function (filename, from, to = if (missing(from)) -1 else from) {
        if (missing(filename)) filename = last_file

        stopifnot(! is.null(filename))
        stopifnot(is.character(filename))
        
        force(to)
        if (missing(from)) from = 1

        source_lines = scan(filename, what = character(), sep = '\n',
                            skip = from - 1, n = to - from + 1,
                            encoding = 'UTF-8', quiet = TRUE)
        result = withVisible(eval.parent(parse(text = source_lines)))
    
        last_file <<- filename # Only save filename once successfully sourced.
        if (result$visible) result$value else invisible(result$value)
    }
})

使用示例：

# Source the whole file:
rs('some_file.r')
# Re-soure everything (same file):
rs()
# Re-source just the fifth line:
rs(from = 5)
# Re-source lines 5–10
rs(from = 5, to = 10)
# Re-source everything up until line 7:
rs(to = 7)

---

1

有趣的故事：我最近发现自己所在的集群配置混乱，无法安装所需的软件，但由于截止日期迫在眉睫，我迫切需要调试 R 工作流程。我别无选择，只能手动将 R 代码行复制并粘贴到控制台中。 ^{在这种情况下，上述内容可能会派上用场。是的，这确实发生了。}