在调用R脚本时遇到python子过程中的错误

Question

[下面是使用python中的子进程执行R脚本的代码，后面有flask和celery工作程序。

#r_script is the R file
cmd = ['Rscript', r_script, input_file, json.dumps(parameters), output_file, r_script_dir]
self.__logger.info("Executing R script")
process = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
process_result = process.communicate()

我在第process = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)行中遇到错误

错误：init中的文件“ /usr/lib/python2.7/subprocess.py”，第679行errread，errwrite）_execute_child中的文件“ /usr/lib/python2.7/subprocess.py”，第1249行提高child_exception-OSError：[Errno 2]没有这样的文件或目录

Answer 1

这可能是由于两个问题，一个是，您必须添加shell=True才能在subprocess中执行shell命令。

process = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE,shell=True)

此外，这也可能是由于Shell无法找到执行它的Rscript命令而导致的。如果您不设置机器中Rscript的路径，通常会出现这种情况。您可以通过在终端/重击中键入Rscript来测试它，如果它说找不到命令，则必须在路径中指定它才能检测到它。

下面是一个示例：

export PATH=$PATH:/root/R/bin

或

export PATH=$PATH:/root/R-3.4.1/bin # specific R version