我有一个字母或符号的向量，比如base = c（'A'，'T'，'G'，'C'），是否有更短更有效的方式（现有函数）来生成所有可能的k-除了使用嵌套for循环或sapply之外，给定k的mers？
qazxsw poi具有qazxsw poi功能，允许重复采样。
要使用大于45的n值，您需要增加R的递归限制。有关如何执行此操作的详细信息，请参阅options命令的expression参数。
gtools要使用permutation，你需要通过基于k的大小复制library(gtools)
bases <- c("A","T","C","G")
permutations(n = length(bases), v = bases, r = 3, repeats.allowed = T)
# [,1] [,2] [,3]
# [1,] "A" "A" "A"
# [2,] "A" "A" "C"
# [3,] "A" "A" "G"
# [4,] "A" "A" "T"
# [5,] "A" "C" "A"
# [6,] "A" "C" "C"
# [7,] "A" "C" "G"
# [8,] "A" "C" "T"
# [9,] "A" "G" "A"
# [10,] "A" "G" "C"
# [11,] "A" "G" "G"
# [12,] "A" "G" "T"
# [13,] "A" "T" "A"
# [14,] "A" "T" "C"
# [15,] "A" "T" "G"
# [16,] "A" "T" "T"
# [17,] "C" "A" "A"
# [18,] "C" "A" "C"
# [19,] "C" "A" "G"
# [20,] "C" "A" "T"
# [21,] "C" "C" "A"
# [22,] "C" "C" "C"
# [23,] "C" "C" "G"
# [24,] "C" "C" "T"
# [25,] "C" "G" "A"
# [26,] "C" "G" "C"
# [27,] "C" "G" "G"
# [28,] "C" "G" "T"
# [29,] "C" "T" "A"
# [30,] "C" "T" "C"
# [31,] "C" "T" "G"
# [32,] "C" "T" "T"
# [33,] "G" "A" "A"
# [34,] "G" "A" "C"
# [35,] "G" "A" "G"
# [36,] "G" "A" "T"
# [37,] "G" "C" "A"
# [38,] "G" "C" "C"
# [39,] "G" "C" "G"
# [40,] "G" "C" "T"
# [41,] "G" "G" "A"
# [42,] "G" "G" "C"
# [43,] "G" "G" "G"
# [44,] "G" "G" "T"
# [45,] "G" "T" "A"
# [46,] "G" "T" "C"
# [47,] "G" "T" "G"
# [48,] "G" "T" "T"
# [49,] "T" "A" "A"
# [50,] "T" "A" "C"
# [51,] "T" "A" "G"
# [52,] "T" "A" "T"
# [53,] "T" "C" "A"
# [54,] "T" "C" "C"
# [55,] "T" "C" "G"
# [56,] "T" "C" "T"
# [57,] "T" "G" "A"
# [58,] "T" "G" "C"
# [59,] "T" "G" "G"
# [60,] "T" "G" "T"
# [61,] "T" "T" "A"
# [62,] "T" "T" "C"
# [63,] "T" "T" "G"
# [64,] "T" "T" "T"
然后以unqique包装来做一些小技巧。
combn您可以使用bases在基础R中执行此操作
k <- 3
unique(t(combn(rep(bases, k), m = k)))
# [,1] [,2] [,3]
# [1,] "A" "T" "C"
# [2,] "A" "T" "G"
# [3,] "A" "T" "A"
# [4,] "A" "T" "T"
# [5,] "A" "C" "G"
# [6,] "A" "C" "A"
# [7,] "A" "C" "T"
# [8,] "A" "C" "C"
# [9,] "A" "G" "A"
# [10,] "A" "G" "T"
# [11,] "A" "G" "C"
# [12,] "A" "G" "G"
# [13,] "A" "A" "T"
# [14,] "A" "A" "C"
# [15,] "A" "A" "G"
# [16,] "A" "A" "A"
# [17,] "T" "C" "G"
# [18,] "T" "C" "A"
# [19,] "T" "C" "T"
# [20,] "T" "C" "C"
# [21,] "T" "G" "A"
# [22,] "T" "G" "T"
# [23,] "T" "G" "C"
# [24,] "T" "G" "G"
# [25,] "T" "A" "T"
# [26,] "T" "A" "C"
# [27,] "T" "A" "G"
# [28,] "T" "A" "A"
# [29,] "T" "T" "C"
# [30,] "T" "T" "G"
# [31,] "T" "T" "A"
# [32,] "T" "T" "T"
# [33,] "C" "G" "A"
# [34,] "C" "G" "T"
# [35,] "C" "G" "C"
# [36,] "C" "G" "G"
# [37,] "C" "A" "T"
# [38,] "C" "A" "C"
# [39,] "C" "A" "G"
# [40,] "C" "A" "A"
# [41,] "C" "T" "C"
# [42,] "C" "T" "G"
# [43,] "C" "T" "A"
# [44,] "C" "T" "T"
# [45,] "C" "C" "G"
# [46,] "C" "C" "A"
# [47,] "C" "C" "T"
# [48,] "C" "C" "C"
# [49,] "G" "A" "T"
# [50,] "G" "A" "C"
# [51,] "G" "A" "G"
# [52,] "G" "A" "A"
# [53,] "G" "T" "C"
# [54,] "G" "T" "G"
# [55,] "G" "T" "A"
# [56,] "G" "T" "T"
# [57,] "G" "C" "G"
# [58,] "G" "C" "A"
# [59,] "G" "C" "T"
# [60,] "G" "C" "C"
# [61,] "G" "G" "A"
# [62,] "G" "G" "T"
# [63,] "G" "G" "C"
# [64,] "G" "G" "G"
使用expand.grid包中的> bases=c('A','T','G','C')
> expand.grid(bases, bases, bases)
Var1 Var2 Var3
1 A A A
2 T A A
3 G A A
4 C A A
5 A T A
6 T T A
7 G T A
8 C T A
9 A G A
10 T G A
11 G G A
12 C G A
13 A C A
14 T C A
15 G C A
16 C C A
17 A A T
18 T A T
19 G A T
20 C A T
21 A T T
22 T T T
23 G T T
24 C T T
25 A G T
26 T G T
27 G G T
28 C G T
29 A C T
30 T C T
31 G C T
32 C C T
33 A A G
34 T A G
35 G A G
36 C A G
37 A T G
38 T T G
39 G T G
40 C T G
41 A G G
42 T G G
43 G G G
44 C G G
45 A C G
46 T C G
47 G C G
48 C C G
49 A A C
50 T A C
51 G A C
52 C A C
53 A T C
54 T T C
55 G T C
56 C T C
57 A G C
58 T G C
59 G G C
60 C G C
61 A C C
62 T C C
63 G C C
64 C C C
函数
一个例子：
permutations