在函数中包装 `geepack::geeglm()` 效果不太好

Question

我有以下 R 代码：

library(geepack)
library(nlme)

data(dietox)
dietox$Cu     <- as.factor(dietox$Cu)
mf <- Weight ~ Cu  + Time

step1_func<- function(formula, data, id,family){

  # Step 1: Initial estimation using GEE with `geepack::geeglm`
  step1 <- geepack::geeglm(
    formula,
    family = family,
    data = data,
    id = id
  )

  return(step1)
}

step1_func(mf, data=dietox, id=Pig, family=poisson("identity"))

当我运行此程序时，我收到错误

Error in eval(extras, data, env) : object 'id' not found

。

当我使用

geepack::geeglm()

时，它工作得很好（尽管有一些警告）。

# This works!
geepack::geeglm(
  mf,
  family = poisson("identity"),
  data = dietox,
  id = Pig
)

这里有什么问题吗？有解决办法可以使这个工作吗？

Answer 1

注意

geeglm

使用NSE进行建模。我举一个简单的例子。下图：

fn1 <- function(data, x)  get(substitute(x), data)
fn2 <- function(data, x) fn1(data, x)


fn1(head(iris), Species)
[1] setosa setosa setosa setosa setosa setosa
Levels: setosa versicolor virginica

fn2(head(iris), Species)
Error in get(substitute(x), data) : object 'x' not found

请注意，

fn2

会失败，即使它只是

fn1

的包装。

解决方法。您可以使用

do.call

或

as.call

+

eval

等。我建议使用

as.call

，因为输出包括对

match.call

的调用：

step1_func<- function(formula, data, id,family){

  step1 <- as.call(list(quote(geepack::geeglm), 
               formula = formula, 
               family = substitute(family),
               data = substitute(data), id = substitute(id)))|>
    eval()
  return(step1)
}