向箱线图添加比较注释

Question

带有 Tukey 比较条形图的箱线图

我进行了方差分析测试，发现我的组中至少有一个平均值存在统计显着差异。作为后续分析，我进行了 Tukey 检验，发现哪些组的平均值不同，我希望在本文中介绍的箱线图中说明这一点，间歇性 Pringle 操作对肝硬化与正常肝脏的影响：

https://academic.oup.com/bjs/article/97/7/1062/6150536?login=true

我可以生成箱线图，但我想添加条形图来说明哪些组的平均值与星号显着不同，如图中突出显示的那样。有人知道我该如何解决这个问题，最好是在 SAS 或 R 中吗？

在 SAS 中，我使用 PROC SGPLOT 来生成箱线图，在 R 中，我知道我可以使用 geom_boxplot，但对于任何其他注释，我不确定可以使用哪些选项来完成此操作。

Answer 1

在 Base R 中，如果您想要更精细的控制，或者想要快速且看似自动化的方法，则可以手动生成这些行

ggstatsplot::ggbetweenstats

（我确信还有其他方法）：

数据

set.seed(123)
df <- data.frame(DAST = 1:300,
                 Category = rep(c("Normal", "Chronic Hepatitis", "Liver Cirrhosis"), each = 100))

ggbetweenstats

方法

请参阅 ?ggstatsplot::gg Betweenstats 了解如何自定义的选项

library(ggplot2)
library(ggstatsplot)

ggstatsplot::ggbetweenstats(df, x = Category, y = DAST)

基础 R 方法

彩色线条清晰可见

# vertical spacing between bars
v_spacing <- c(max(df$DAST) + seq(20, 50, length.out = 3))

plot(x = as.factor(df$Category), y = df$DAST,
     xlab = NA, ylab = "D-AST", frame = FALSE)
# horizontal lines - position 1 = Chronic Hepatitis, 2 = Lover Cirrhosis, 3 = Normal
  # bars map between positions 1-2, 1-3, 2-3
segments(x0 = c(1,1,2), 
         x1 = c(2,3,3),
         y0 = v_spacing,
         xpd = TRUE,
         col = c("red", "green", "blue"))

# vertical lines
segments(x0 = c(1, 2, 1, 3, 2, 3), 
         y0 = rep(v_spacing, each = 2),
         y1 = rep(v_spacing, each = 2) - 5,
         xpd = TRUE,
         col = rep(c("red", "green", "blue"), each = 2))

# Denote significance
text("*", 
     x = c(mean(1:2), mean(c(1,3)), mean(2:3)),
     y = v_spacing + 5,
     xpd = TRUE,
     col = c("red", "green", "blue"))