配置rslurm

Question

我有两个问题？

如何指定

_rslurm

*目录的路径？

1. 如何更改Submit.sh

   的配置。我在这里有一个例子：

2. #!/bin/bash
   #SBATCH -A co2\n"
   #SBATCH --job-name=name
   #SBATCH --output=%x.o%j
   #SBATCH --ntasks=%d\n
   #SBATCH --mem-per-cpu=30G
   #SBATCH --time=08:00:00
   #SBATCH --partition=orion
   #SBATCH -D .
   #SBATCH -q batch

以下R示例：

test_func <- function(par_mu, par_sd) {
    samp <- rnorm(10^6, par_mu, par_sd)
    c(s_mu = mean(samp), s_sd = sd(samp))
}
pars <- data.frame(par_mu = 1:10,
                   par_sd = seq(0.1, 1, length.out = 10))
library(rslurm)
sjob <- slurm_apply(test_func, pars, jobname = 'test_apply',
                    nodes = 2, cpus_per_node = 2, submit = FALSE)

file.edit("_rslurm_apply/submit.sh")

在以下提交中的反应。sh：

#!/bin/bash
#
#SBATCH --array=0-1
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --job-name=test_apply
#SBATCH --output=slurm_%a.out
/usr/local/lib/R/bin/Rscript --vanilla slurm_run.R

如果这是关于如何动态提供字符串，您可以使用

sprintf

，

Answer 1

> drc <- './_rslurm_apply'
> sprintf('%s/submit.sh', drc)
[1] "./_rslurm_apply/submit.sh"

并相应地更改您的脚本：

file.edit(sprintf('%s/submit.sh', drc)) 在开始时提供或将其包裹在功能中：

drc

usage：

slurm_fun <- \(drc) {
  test_func <- function ...
  ...
  file.edit(sprintf('%s/submit.sh', drc))
}