如何存储networkx图以便在Gephi中可视化？

Question

我正在使用 Python 中的 Networkx 模块研究 pagerank 算法。我有一个列表字典，其中字典的键是页面的标题，其值是通过该页面引用的所有标题。

为了创建可视化，我首先这样做了：

G = nx.DiGraph()
G = nx.from_dict_of_lists(ref_dict)

其中

ref_dict

是上面提到的字典。

创建图表后，我使用 Networkx 的

write_edgelist

函数以 csv 格式存储图表。

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv')

我的问题就在这里。 csv 文件将边存储为：

节点1节点2{} 节点1 节点3 {}

当我直接在 Gephi 中使用此文件时，它将 {} 视为节点并相应地显示可视化效果。 那么存储 Networkx 图以使其可视化的最佳格式应该是什么？

Answer 1

使用

write_gexf

函数，例如：

nx.write_gexf(G, "test.gexf")

， 然后使用

Gephi

打开文件，然后你就会看到它。

参考https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/ generated/networkx.readwrite.gexf.write_gexf.html#write-gexf

Answer 2

您可以指定

data

参数来告诉 networkx 不要添加

{}

:

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv', data=False)

networkx 和 Gephi 都支持其他格式（例如 GraphML），如果您的数据具有与之关联的属性，您可以完成更复杂的数据可视化任务。