mcmapply 因使用 openMP 的 Rcpp/Armadillo 函数而停顿

Question

我对

mcmapply

有问题，只有在 Rcpp 函数

testfun()

首先在

mcmapply

外部调用，然后通过

mcmapply

调用时才会出现。该问题仅在以下情况下存在：

• testfun()

  使用

  openMP

• mcmapply

  使用并行化 (

  mc.cores

  >1)

如果我用

mcmapply

调用

testfun()

，它会运行并完成，不会出现错误。如果我先单独调用

testfun()

，然后再调用

mcmapply

，那么

mcmapply

就会停止。

MWE：

Rcpp::sourceCpp(code=
"  #include <RcppArmadillo.h>;
  // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
  // [[Rcpp::export]]
  void testfun(int n) {
    arma::mat foo = arma::sqrt(arma::zeros(n,n));
  }")
library(parallel)

print("Run mcmapply+testfun: works")
mcmapply(mc.cores=2, function(x) testfun(100), 1:2)

print("Calling testfun separately: works")
testfun(100)

print("Run mcmapply+testfun after having run testfun separately: stalls")
mcmapply(mc.cores=2, function(x) testfun(100), 1:2)

这与 openMP 的使用有关，我怀疑问题与存储矩阵有关，因为只有当

testfun()

将

arma::sqrt()

的结果分配给

arma::mat

时才会发生。如果我指定

#define ARMA_DONT_USE_OPENMP

，则不会出现该问题。

设置：使用 R 4.4.0、gcc 14.2.0 和 gsl 2.7.1 的 linux，但问题也出现在旧版 R 版本上。

Answer 1

这违反了有据可查的规则（例如，参见几天前的这篇文章），即您不能从并行部分回调到 R，或触摸 R 对象。 为了方便和默认，RcppArmadillo 向量和矩阵使用 R 内存，这违反了它。 请参阅 RcppParallel 小插图进行讨论，并查看其 RVector 和 RMatrix 类的示例。