RdKit 分子中原子的坐标

Question

大家好，我需要一些帮助来格式化分子中原子的坐标，我正在使用 Python 进行编码。我需要的是：

(atom) x y z coordinates

对于分子中的每个原子。到目前为止我的代码是：

for molecule in mol_list:
    molecule = Chem.AddHs(molecule)
    print(molecule.GetNumAtoms())
    AllChem.EmbedMolecule(molecule)
    AllChem.UFFOptimizeMolecule(molecule)
    molecule.GetConformer()

    print()

    for atom in molecule.GetAtoms():
        # positions = molecule.GetConformer().GetAtomPosition(0)
        positions = molecule.GetConformer().GetPositions()
        print(atom.GetSymbol(), positions)
    
        print()

但这给了我输出：

(Atom) x y z coordinates for every atom

如此重复，分子中的每个原子都具有整个分子的 x、y 和 z 坐标。

mol_list

循环中的

for

是我转换为对象的字符串列表：

rdkit.Chem.rdchem.Mol

。我尝试过

geometry.xyz

中的

Chemml

函数，但遇到了 Molecule 对象的问题。另外，我尝试使用

RdKit

函数

getAtomPos()

但没有成功。任何对此的帮助都会很棒！

Answer 1

您必须传递原子编号才能获取其坐标。以下代码片段应该可以满足您的要求

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

for molecule in mol_list:
    molecule = Chem.AddHs(molecule)
    print(molecule.GetNumAtoms())
    AllChem.EmbedMolecule(molecule)
    AllChem.UFFOptimizeMolecule(molecule)
    molecule.GetConformer()
    print()

    for i, atom in enumerate(molecule.GetAtoms()):
        positions = molecule.GetConformer().GetAtomPosition(i)
        print(atom.GetSymbol(), positions.x, positions.y, positions.z)