有没有办法计算plotly Scatter3d的最佳sizeref值

Question

我正在使用神奇的绘图库来绘制 3D 散点图，并尝试确定如何计算气泡的大小。

请注意，数据并不那么重要（并且很难在此处显示），除了气泡的大小应随“大小”属性中的数据值缩放之外。不幸的是，该数据的值会随着时间的推移而变化，因此设置固定的“大小”值是不切实际的。 plotly 提供了“sizeref”属性（参见下面的代码）来缩放气泡的大小。我发现了一个适用于 2D 但似乎不适用于 3D 图表的公式（在plotly 网站上）。

我的问题是：有没有一个方便的公式来计算 sizeref 的值？我认为 sizeref 公式将取决于数据的最大/最小值（即“size”属性的数据）和布局大小（按照下面的代码，高度为 800，宽度为 800）。我尝试了一些我自己的公式，但没有一个效果很好。

任何想法将不胜感激（注意：我使用Python，但我怀疑该解决方案适用于 R 中的绘图代码）。

import plotly
import plotly.graph_objs as go

#
# The dataframe, df, is calculated elsewhere
#

x = list(df["comp-0"])
y = list(df["comp-1"])
z = list(df["comp-2"])

text = list(df["label"])
color = list(df["cluster"])
size = list(df["degree"])
sizeref = 50
sizemin = 1

trace1 = go.Scatter3d(
    x=x, y=y, z=z,
    text=text,
    mode="markers",
    marker=dict(
        sizemode="diameter",
        sizeref=sizeref,
        sizemin=sizemin,
        size=size,
        color=color,
        colorscale="Viridis",
        line=dict(color="rgb(150, 150, 150)")
    )
)

data = [trace1]
title = "Clusters"
layout = go.Layout(height=800, width=800, title=title)

fig = go.Figure(data=data, layout=layout)
plotly.offline.plot(fig)

Answer 1

我在 Plotly Express 中使用的公式在这里：https://github.com/plotly/plotly.py/blob/8445f916fa84fe17cfc15e95354c0a870113ad8c/packages/python/plotly/plotly/express/_core.py#L1721

sizeref = df["size_column"].max() / max_size ** 2

一些注意事项：

• 此公式假设

  sizemode

  是

  area

  而不是

  diameter

  ，考虑到人类如何感知大小，这是感知上的最佳做法。如果您想使用

  diameter

  模式，您可以使用

  sizeref = df["size_column"].max() / max_size

• 此公式不考虑“最小”大小，因为当数据为 0 时，Plotly 始终将最小大小视为 0。您无法将任意范围映射到大小。

  sizemin

  参数是一个“裁剪”参数，意味着任何尺寸“将”小于

  sizemin

  的标记都会在

  sizemin

处渲染
• Plotly Express 中

  max_size

  的默认值为 20，我发现 15 到 60 之间的值看起来不错，具体取决于数据和子图数量等。

Answer 2

创建一个新列“log_yvalues”并使用日志值，因为大小变量在大多数情况下应该足够好，并且还可以处理足够的极端情况。

只要确保你有办法处理 0、负值、空值即可。