为什么和Sys.which返回不同的路径？

Question

我尝试从R运行Python脚本：

system('python script.py arg1 arg2')

并得到一个错误：

ImportError：没有名为pandas的模块

这是一个令人惊讶的事情，因为脚本正在按照预期从终端工作。之前遇到过这种类型的问题（使用knitr，以及engine.path chunk选项），我知道要检查：

Sys.which('python')
#            python 
# "/usr/bin/python"

并将其与命令行进行比较：

$ which python
# /Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python

（即错误的产生是因为我为anaconda发行版安装了pandas，虽然TBH我不知道为什么我有不同的发行版）

因此我可以通过运行来解决我的问题：

system('/Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python script.py arg1 arg2')

我的问题是双重的：

我读了?Sys.which的一些提示，但无济于事。特别是，?Sys.which建议Sys.which使用which：

这是系统命令which的接口

这显然是（？）不真实的;可以肯定的是，我检查了Sys.which('which')和which which以确认两者都指向/usr/bin/which（由这个花絮刺激）：

在类Unix上，安装R时找到（通常是/usr/bin/which）的完整路径。

对于后者，我一时兴起尝试Sys.setenv(python = '/Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python')无济于事。

Answer 1

正如一些评论提示的那样，这是一个问题，因为PATH环境变量对于Finder（或Dock）启动的程序而言不同于终端中的程序。有一些方法可以为Dock启动的应用程序设置PATH，但它们并不漂亮。这是一个开始寻找你想要走这条路的地方：

您可以做的另一件事，可能更简单，就是告诉R在启动时设置PATH变量，使用Sys.setenv将路径添加到所需的Python实例。通过将命令放在相应位置的.Rprofile文件中，您可以只为一个项目，整个用户帐户或整个系统执行此操作。有关如何执行此操作的更多信息：