R命令行参数和makefile

Question

我在组合makefile和R程序时遇到问题，该程序接受命令行参数。

示例：我已经编写了一个R文件，该文件接受命令行参数并生成图。

代码

    args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
    if (length(args) != 1) {
    cat("You must supply only one number\n")
    quit()
    }
    inputnumber <- args[1]
    pdf("Rplot.pdf")
    plot(1:inputnumber,type="l")
    dev.off()

Makefile

all : make Rplot.pdf
Rplot.pdf : test.R
        cat test.R | R --slave --args 10

现在的问题是如何提供--args（在这种情况下为10），这样我可以说这样的话：make Rplot.pdf -10

我了解的更多是Makefile问题，而不是R问题。

Answer 1

您在这里有两个问题。

第一个问题与命令行参数解析有关，我们在网站上已经对此有几个疑问。请搜索“ [r] optparse getopt”以查找例如

• Parsing command line arguments in R scripts
• R command line passing a filename to script in arguments (Windows)
• Is there a package to process command line options in R?

以及更多。

第二个问题涉及基本的Makefile语法和用法，是的，网络上也有很多教程。并且您基本上提供了类似于shell参数的它们。这是例如我的Makefile的一部分（从RInside的示例中），我们在其中查询R到命令行标志，例如：

## comment this out if you need a different version of R, 
## and set set R_HOME accordingly as an environment variable
R_HOME :=       $(shell R RHOME)

sources :=      $(wildcard *.cpp)
programs :=     $(sources:.cpp=)


## include headers and libraries for R 
RCPPFLAGS :=    $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config --cppflags)
RLDFLAGS :=     $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config --ldflags)
RBLAS :=        $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config BLAS_LIBS)
RLAPACK :=      $(shell $(R_HOME)/bin/R CMD config LAPACK_LIBS)

## include headers and libraries for Rcpp interface classes
RCPPINCL :=     $(shell echo 'Rcpp:::CxxFlags()' | \
                           $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)
RCPPLIBS :=     $(shell echo 'Rcpp:::LdFlags()'  | \
                           $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)


## include headers and libraries for RInside embedding classes
RINSIDEINCL :=  $(shell echo 'RInside:::CxxFlags()' | \
                            $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)
RINSIDELIBS :=  $(shell echo 'RInside:::LdFlags()'  | \
                            $(R_HOME)/bin/R --vanilla --slave)

[...]

Answer 2

您可以如下定义命名参数：

$ cat Makefile 
all:
    echo $(ARG)

$ make ARG=1 all
echo 1
1

您也可以使用Rscript test.R 10代替cat test.R | R --slave --args 10 。