R：source() 和源文件路径

Question

R 中的

source()

命令一定有一些我不明白的地方。我对它还是个新手，但我一生都无法理解它是如何获取目录的！我的问题是这样的：

我有一个包装脚本，

wrapper.R

，和一个包含一些函数的源文件，

functions.R

。这两个都在同一目录中。如果我在包装器脚本中调用

source('functions.R')

，同时站在两个文件所在的目录中，一切都很好。但是，我希望能够从某个

other

目录运行我的 wrapper.R 脚本，i.e. 不是这些脚本所在的目录。如果我为另一个目录运行包装器，它不起作用，并且会出现

cannot open the file

错误。

我用谷歌搜索并发现了很多不同的线程，但是这个问题似乎非常清楚。按照我理解的方式，我正在做的方式应该有效。显然，我误解了一些东西。我对该线程的阅读使我相信

source()

适用于调用

source()

的文件所在的目录。我的阅读还使我相信我不应该按照我的意愿使用

chdir = TRUE

保留公布的相对目录。

看来它不起作用......我误解了什么？当从其他地方调用时，如何将文件源放在与包装器脚本相同的目录中？

Answer 1

您可以使用here包来完成此操作。它使用“加载包时的当前工作目录”。换句话说，您启动 R 会话的目录。

在你的情况下，代码是：

source(here::here('functions.R'))

即使包装器脚本

wrapper.R

位于项目中的不同目录中，这也将起作用。

如果

functions.R

在项目的子目录中，只需将其添加到对

here()

的调用中，即可完成相对路径：

source(here::here('subdirectory', 'functions.R'))

Answer 2

如果您要向同事分发脚本，那么您确实不应该编写引用其他脚本的脚本。如果您将来想要重命名或移动

functions.R

怎么办？如果您需要修改

functions.R

中的函数，但

wrapper.R

依赖于该函数的旧版本怎么办？这是一个脆弱的解决方案，会导致头痛。我会推荐以下任一选项。

1. 将所需的所有内容放入一个独立的脚本中并分发。

2. 如果您真的想将代码分离到不同的文件中，请编写一个包。听起来可能有点矫枉过正，但包实际上可以非常简单和轻量级。在最简单的形式中，包只是一个包含

   DESCRIPTION

   和

   NAMESPACE

   文件以及

   R/

   目录的目录。 Hadley 很好地解释了这一点：https://r-pkgs.org/whole-game.html.

Answer 3

source

根本不支持这一点。其他答案显示了一些在有限情况下有效的解决方法，但在某些（常见）情况下都失败了。特别是，正如您自己指出的那样，

chdir = TRUE

不是一个好的选择。

更好的解决方案是从“

box”包中获取box::use。该包允许您将 R 源代码视为正确的模块。其特性之一是模块可以加载本地模块。

在您的

wrapper.R

中，将

source

调用替换为

box::use(./functions[...])

或者，如果您想从 wrapper.R 模块中

导出

这些函数（而不仅仅是在内部使用它们），请执行以下操作：

#' @export
box::use(./functions[...])

要加载

wrapper.R

本身，请使用

box::use(project/wrapper)

其中

project

是项目名称，需要与保存

wrapper.R

脚本的文件夹名称相对应。

请参阅入门小插图，了解有关“盒子”模块使用的更多信息。

Answer 4

也许您可以在

wrapper.R

中定义一个辅助函数，它将尝试从同一目录加载其他文件。例如

source_here <- function(x, ...) {
    dir <- "."
    if(sys.nframe()>0) {
        frame <- sys.frame(1)
        if (!is.null(frame$ofile)) {
            dir <- dirname(frame$ofile)
        }
    }
    source(file.path(dir, x), ...)
}

然后你会打电话

# inside wrapper.R
source_here("functions.R")

然后你就只有源代码

wrapper.R

，它会在同一目录中寻找

functions.R

。

Answer 5

我还没有看到的一个答案是只使用绝对路径。当您

source("myfunctions.R")

时，它使用来自

getwd()

的隐式相对路径。使用完整路径以避免更改工作目录时出现问题。 不过，在共享工作时，其他人必须自己更改所有路径。

Answer 6

我知道有点晚了，但我在获取脚本来源的目录时遇到了这个答案。

我认为您应该能够在不安装额外软件包的情况下执行此操作：

cur_dir = utils::getSrcDirectory(function(){})[1]
source(file.path(cur_dir, 'functions.R'))