使用Python和networkx进行大图可视化

Question

我在使用 python 和 networkx 进行大型图形可视化时遇到问题。该图希望可视化是有向的，并且边和顶点集大小为 215,000 从文档（在首页链接）可以清楚地看出，networkx 支持使用

matplotlib

和 GraphViz 进行绘图。在

matplotlib

和networkx中，绘图完成如下：

import 
networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
#Let g be a graph that I created
nx.draw(g)

我在

nx.draw(g)

之后出现内存错误，之后您通常会执行

plt.show()

或 plt.[some_function] 以高效的格式保存文件，等等。

接下来我尝试了 GraphViz。从 wikipedia 页面

dot

格式用于有向图，我创建了一个点文件：

nx.write_dot(g, "g.dot")

效果很好，我当前目录中有一个 12 MB 的点文件。接下来我运行

dot

程序（graphviz 的一部分，用于创建 postscript 文件）：

dot -Tps g.dot -o g.ps

这会减慢我的计算机速度，运行几分钟，然后在终端中显示

Killed

。所以它永远无法执行...在阅读 graphviz 的文档时，大型图形可视化似乎只支持无向图。

问题： 通过这两次不成功的尝试，任何人都可以向我展示如何使用 python 和 networkx 可视化包含大约 215,000 个顶点和 215,000 个边的大图吗？我怀疑与 Graphviz 一样，我必须输出为中间格式（尽管这不应该那么难，但不会像内置函数那么容易），然后使用另一个工具读取中间格式，然后输出可视化.

所以，我正在寻找以下内容：

1. 将网络x的输出图转换为中间格式
2. 使用新的软件包/软件/工具（最好是Python交互式）读取中间格式并可视化大图

如果您需要更多信息，请告诉我！

Answer 1

from matplotlib import pylab
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx

def save_graph(graph,file_name):
    #initialze Figure
    plt.figure(num=None, figsize=(20, 20), dpi=80)
    plt.axis('off')
    fig = plt.figure(1)
    pos = nx.spring_layout(graph)
    nx.draw_networkx_nodes(graph,pos)
    nx.draw_networkx_edges(graph,pos)
    nx.draw_networkx_labels(graph,pos)

    cut = 1.00
    xmax = cut * max(xx for xx, yy in pos.values())
    ymax = cut * max(yy for xx, yy in pos.values())
    plt.xlim(0, xmax)
    plt.ylim(0, ymax)

    plt.savefig(file_name,bbox_inches="tight")
    pylab.close()
    del fig

#Assuming that the graph g has nodes and edges entered
save_graph(g,"my_graph.pdf")

#it can also be saved in .svg, .png. or .ps formats

这回答了您的第一个问题。 Networkx 没有放大节点的功能。 使用 Gephi 来实现此功能。 Gephi 接受 CSV 格式的边缘列表并生成可视化，其中可以交互地进行缩放。