在Pycharm Python virtualenv中使用subprocess.call（） - 如何为子进程停用venv

Question

我正在使用Pycharm进行Python开发。代码在Pycharm venv中运行，我想从那里调用一个bash脚本来激活和停用conda环境（这一个：https://github.com/lykaust15/DeepSimulator）。

所以我需要在通过subprocess.call()调用脚本时停用Pycharm venv，据我所知。否则我会收到错误。我该怎么做呢？

我的电话是：

        result = subprocess.call([deppsim_path, "-i", fasta, "-c", "4",
                              "-C", "1", "-n", "100",
                              "-H", os.path.dirname(deppsim_path),
                              "-o", tmp_path], shell=False)

编辑：

一些错误：

/home/user/path/bin/venv/bin/python /home/user/path/bin/sim_seq.py
Pre-process input genome...
/home/user/path/bin/DeepSimulator/deep_simulator.sh: Zeile 207: deactivate: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Pre-process input genome done!
Executing the preprocessing step...
Traceback (most recent call last):
  File "/home/user/path/bin/DeepSimulator/util/genome_sampling.py", line 5, in <module>
    import scipy.stats as st
ImportError: No module named scipy.stats

Answer 1

您始终可以使用python可执行文件的完整路径调用特定的python安装，包括虚拟环境。这就是你的答案。使用python二进制文件的完整路径，该二进制文件位于要用于运行子进程的实际Python安装中，并且在运行子进程时不会涉及任何虚拟环境。

举个例子，这是我的系统上两个Python二进制路径的样子：

> which python
/usr/local/bin/python
> venv development
> which python
/Users/stevenjohnson/envs/development/bin/python

所以/ usr / local / bin / python是我实际的Python 2.7安装，/ Users / stevenjohnson / envs / development / bin / python是我的“开发”虚拟环境。因此，如果我在我的虚拟环境中运行主程序，但如果我在子进程调用中调用/ usr / local / bin / python，则子进程将使用基本Python 2.7安装运行。