R 中的累积曲线

Question

我有 4 个地点几个月内的物种数据。 我已经使用 R 中的包

vegan

成功创建了累积图，但我想将所有 4 个站点绘制在一张图上。

起初我有一份包含所有站点和月份的数据表，但是当我绘制

specaccum

时，结果是所有数据累积的曲线，无论站点如何。

因此，我将每个站点分成一个单独的数据表，并将其加载到 R 中。在每个数据表中，第一行是物种名称，下面的每个附加行是一个月。

例如，我加载了我的网站之一“FMR”的数据。然后我做了以下事情：

FMR <-specaccum(FMRJ2F, "random")
plot(FMR)

我对其他网站也做了同样的事情，

PP

，

DUX

，

PM

。我怎样才能将所有 4 条线放在一个图上？

Answer 1

您可以在

add=TRUE

中使用

plot.specaccum()

参数。

library(vegan)
data(BCI) 
l <- lapply(c(1,21,41,61,81), \(i) specaccum(BCI[, seq(i,i+19)], method="random"))
plot(l[[1]])
for (i in 2:5) plot(l[[i]], add=TRUE, col=i)

此代码片段仅从

BSI

加载内置

{vegan}

数据集，并通过在

l

中的列子集上运行

specaccum

来创建包含 5 个

specaccum()

对象的列表

BCI

。您不需要这样做，因为您已经拥有

specaccum

对象。

然后，我们创建第一个

plot

，并在

for

循环的每次迭代中添加一条带有

add=TRUE

的新曲线。

Answer 2

好吧，@jlhoward 的解决方案当然更简单，也更明智。但是，由于我没有想到显而易见的事情并将其编码，所以我想我也可以分享它。对于手头的功能不接受的相关问题可能很有用

add

。

加载库和一些示例数据：

library(vegan)
data(BCI)
sp1 <- specaccum(BCI, 'random')

# random modification to BCI data to create data for a second curve
BCI2 <- as.matrix(BCI)
BCI2[sample(prod(dim(BCI2)), 10000)] <- 0
sp2 <- specaccum(BCI2, 'random')

绘图

# Combine the specaccum objects into a list 
l <- list(sp1, sp2) 

# Calculate required y-axis limits
ylm <- range(sapply(l, '[[', 'richness') + 
           sapply(l, '[[', 'sd') * c(-2, 2))

# Apply a plotting function over the indices of the list
sapply(seq_along(l), function(i) {
  if (i==1) { # If it's the first list element, use plot()
    with(l[[i]], {
      plot(sites, richness, type='l', ylim=ylm, 
           xlab='Sites', ylab='random', las=1)
      segments(seq_len(max(sites)), y0=richness - 2*sd, 
               y1=richness + 2*sd)
    })    
  } else {
    with(l[[i]], { # for subsequent elements, use lines()
      lines(sites, richness, col=i)
      segments(seq_len(max(sites)), y0=richness - 2*sd, 
               y1=richness + 2*sd, col=i)
    })     
  }
})

legend('bottomright', c('Site 1', 'Site 2'), col=1:2, lty=1, 
       bty='n', inset=0.025)