与 guix 相比，nix 中 rPackages（包的 pin 版本）的重现性更好

Question

我实际上正在评估不同的解决方案来增强/探索我的 R/Python 科学工作流程中的可重复性：具有可重复分析（绘图、分析）和论文的数据。

如您所知，两大 Linux 风格提供了一些解决方案：Nix 和 Guix

在 nix 中，通常描述的使用 R 开发的方式是，例如使用

rWrapper

和

rPackages

:

pkgs.rWrapper.override{ packages = with pkgs.rPackages; [tidyverse rmarkdown]; };

我的问题（不是那么......）简单，就像 Python 一样，R 众所周知在可重复性方面是一场噩梦，即使在中期也是如此。为了好玩，您可以尝试使用最新版本的 R 运行 2 年来的 ggplot2 代码...

为了提出一个能够从科学论文的相同数据中产生相同结果的薄片，我有兴趣在推导中修复 R 的版本以及用于计算分析或绘图的 R 包的版本。

{
description = "Generate R result from simulation";

inputs = {
    nixpkgs.url = "nixpkgs/nixos-20.09";
    utils.url = "github:numtide/flake-utils";

};

outputs = {self, nixpkgs, utils, mach-nix } : (utils.lib.eachDefaultSystem
    (system :
    let
        pkgs = nixpkgs.legacyPackages.${system};
        REnv = pkgs.rWrapper.override{ packages = with pkgs.rPackages; [tidyverse rmarkdown]; };

        buildRScripts = { stdenv, fetch,... }: stdenv.mkDerivation {
        name = "myscript";
        src = self;
        nativeBuildInputs = [ REnv ];
        dontBuild = true;
        buildInputs = [ pkgs.pandoc pkgs.unzip ];
 
        installPhase=''
            mkdir $out
            cd $out
            ${REnv}/bin/Rscript -e 'rmarkdown::render("test.Rmd")
        '';
  in {
      defaultPackage = self.packages.${system}.buildRScripts;
     }
  ));}

例如，我如何更准确地定义我想要使用的，以编译我的

test.Rmd

，仅使用 R 4.1.O 的 tidyverse 1.3.1 ？即使是5年后？

我发现 Guix 显示了不同的可用软件包/版本的 R 和 tidyverse :

http://data.guix.gnu.org/repository/1/branch/master/package/r-tidyverse

tidyverse.1.3.1 所需的版本已清晰呈现：

http://data.guix.gnu.org/gnu/store/31rwnjq3map2njx1518vsxpwbvy7xx2j-r-tidyverse-1.3.1.drv

随着

rPackages

中的

Nix

我寻找一种方法来实现类似的目标，即。一种明确引用 R 或 R 包版本进行推导的方法，但我没有找到它。

有了 rPackages here nix 开发者已经提供了很好的基础，但也许我们需要更多......

我们如何才能与 Nix 共同实现 R 包的更好再现性？我对任何想法感兴趣？

也许我们可以直接从 cran 存档中获取包源并编译它？例如 tidyverse :

PS：我知道 Nix 和 Guix 都是 https://archive.softwareheritage.org/ 的合作伙伴，这是归档和调用 cran 包的好方法：

Ps：答案也可以添加到https://nixos.wiki/wiki/R

更新1

在 nix Discord 上与一些伟大的人讨论后，我了解到 nix 不需要版本，因为

flake.nix + flake.lock

存储哈希（请参阅 nix flake 元数据），将我的构建和下载与 nixpkgs 上非常具体的提交链接起来。

但这并不能解决问题：

RPackages 在这个非常具体的提交中声明的包链接/需要的 tar.gz 源的问题？我认为软件遗产在这一点上会有所帮助？
常见的一些R版本和R版本的包不兼容的问题。例如，您使用 R 3.0.0 和 tidyverse 1.2.3 编写代码，您更新 R 版本，因为其他一些软件包需要更新，并且仅适用于 R 3.2.0 提供的依赖项，但是ahum，tidyverse 1.2。 3 对于 R 3.2.0 来说不存在...修复版本并访问旧的 tar.gz 解决了这个问题的一部分，我想。

我们如何使用 nix 定义这样的东西？

更新2

似乎有人建立了一个非官方索引来帮助人们使用 tidyverse 搜索旧版本的软件包 Ex ：https://lazamar.co.uk/nix-versions/?channel=nixpkgs-unstable&package=r-tidyverse

感谢@dram 对此的链接和讨论。

Answer 1

在 nix Discord 上，向我建议了以下内容：将 nixpkgs 的版本固定到特定提交，如下所示：

pkgs = import (fetchTarball "https://github.com/NixOS/nixpkgs/archive/e8c38b73aeb218e27163376a2d617e61a2ad9b59.tar.gz") {};

并且仅将这个固定的

pkgs

用于 R 及其所有包。（您可以对您想要接收更新的其他软件包使用

updated_pkgs = import <nixpkgs> {};

，即使是在同一个开发 shell 中也是如此。

因此，如果某个时刻 R 和相关包通过了您的测试，则获取哈希值，您可以随时参考。如果您将开发 shell 的

default.nix

检查到 git 中，这应该会勾选您的所有框。

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