在HPC群集上从八度调用R脚本时出错

Question

我有一个octave脚本调用R脚本在HPC集群上进行一些计算。计算程序如下：

1. 在集群上提交作业以分配计算节点，然后将计算分配给该节点中的每个CPU。 shell脚本的一部分看起来像这样

   count=0
   
   HOSTLIST=
   
   for host in `cat $PBS_NODEFILE`
   
     do
   
       HOSTLIST[$count]=$host
   
       count=$(($count+1))
   
   done
   
   ...
   ...
   ...
   
   mkdir case_$count
   
   cd case_$count
   
   export workdir=`pwd`
   
   remotehost=${HOSTLIST[$pcount]}
   
   ssh -n $remotehost "cd $workdir; export PATH=$PATH:$workdir; octave $MFILE > /dev/null" &

2. 为简单起见，样本$MFILE的内容是

   printf("Calling R script from Octave \n");
   
   system('./hello_world.R');

3. hello_world.R

   #!/usr/bin/Rscript
   print("Hello World!")

4. 运行时遇到错误 sh: ./hellow_world.R: /usr/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or directory
5. 我的一些环境变量（以防万一）

   $ echo $PATH
   
   /usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/cuda/bin:/opt/ganglia/bin:/opt/ganglia/sbin:/usr/java/latest/bin:/opt/maven/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/pvfs2/bin:/opt/rocks/bin:/opt/rocks/sbin
   
   $ which Rscript 
   
   /usr/bin/Rscript
   
   $ which R
   
   /usr/bin/R

如果我从命令行运行$MFILE，它工作正常并打印所需的输出就好了。我尝试了很多我能在网上找到的解决方案但无济于事

谁知道出了什么问题？谢谢你的任何建议！

Answer 1

问题是R已在登录节点上加载但未在计算节点上加载。因此，在作业提交脚本中，必须有一行来在进行任何计算之前加载R。例如：

    module load r/3.4.3

查看更多here和here