更新 Postgres Pedigree 流程，为子代后代添加 @ 字符前缀

Question

我在 2012 年通过 通过 2 个父/子表的 PostgreSQL Recursive 创建用于植物育种的 Postgres Pedigree 流程时得到了帮助。 谱系父/子层次结构由科/植物 ID 定义。每个植物通过“id_family”外键“链接”到族表。具有根级亲本的植物的 ID 为 1，映射到“NA”，并且 Family is_root 值设置为“Y”。  问题是您无法确定路径输出中实际的子女死者。

父/子映射用例： 通过关联映射回前一个家族的 ptst_plant id_family 值来确定 F2+ 父级（非根级别）与子级的关系，然后为子级植物添加 @ 字符前缀，以表明它是后代植物。

通过 ptst-pedigree.sql 进程的父/子映射工作流程：

• 选择具有 ptst_family.is_root = 'N' 的 F2+ 父子关系集
• 选择映射到 ptst_plant.id_family 的 ptst_familymale/female_plant_ids 集，该组也映射回之前列出的 Fn 家族。
• 示例： ptst_family family5AEAG：id=9，family_key=family5AEAG，male/female_plant_id=10,11，is_root='N'，映射到 ptst_plant.id 10,11。
• 但是，ptst_plant.id=5 映射到之前列出的 Pedigree ID=5 记录的 family3AE 家族，并且 ptst_plant.id=6 映射到之前列出的 Pedigree ID=6 记录的 family4AG 家族
• 因此，在f1AE子plant_key前面加上@字符，以表明它是family3AE的后代植物。  另外，在 m1AG 子 plant_key 前面添加 @ 字符，以表明它是 family4AG 的后代植物。对其他父/子对重复此过程。
• 另一个选项可能是有一个单独的更新脚本来更改谱系表路径字符串，搜索具有映射回前一个家族的植物键的 F2+ 家族，然后在适用的植物键前面加上“@”字符。

下面的示例带有所需的@字符植物前缀：

• F1族1AA=(f1A x m2A) >F2族3AE=(@f7A x m1E) >F3族5AEAG=(@f1AE x m1AG)

• F1族2AA=(f3A x m4A) >F2族4AG=(@f8A x m1G) >F3族5AEAG=(f1AE x @m1AG)

以下是使用Postgresql 16.6的测试表/数据：

DROP TABLE if exists ptst_family CASCADE;
DROP TABLE if exists ptst_plant CASCADE;
DROP TABLE if exists ptst_pedigree CASCADE;

CREATE TABLE ptst_family (  
  id serial,
  family_key VARCHAR(20) UNIQUE,
  female_plant_id INTEGER NOT NULL DEFAULT 1,  
  male_plant_id INTEGER NOT NULL DEFAULT 1,  
  is_root VARCHAR NOT NULL DEFAULT '0',  -- Root level familes are always the first level pedigree (F1)
  CONSTRAINT ptst_family_pk PRIMARY KEY (id)
);

CREATE TABLE ptst_plant (
  id serial,
  plant_key VARCHAR(20) UNIQUE,
  id_family INTEGER NOT NULL,  
  CONSTRAINT ptst_plant_pk PRIMARY KEY (id),
  CONSTRAINT ptst_plant_id_family_fk FOREIGN KEY(id_family) REFERENCES ptst_family(id) 
);

CREATE TABLE ptst_pedigree (
id serial,
pedigree_key VARCHAR NOT NULL,
path VARCHAR NOT NULL UNIQUE
);

-- FAMILY Table DATA:
insert into ptst_family (id, family_key, female_plant_id, male_plant_id, is_root) VALUES (1,'NA',1,1,'Y'); -- Default place holder record
-- F1 Root level Alba families
insert into ptst_family (id, family_key, female_plant_id, male_plant_id, is_root) VALUES (2,'family1AA',2,3,'Y');
insert into ptst_family (id, family_key, female_plant_id, male_plant_id, is_root) VALUES (3,'family2AA',4,5,'Y');
-- F2 Hybrid Families
insert into ptst_family (id, family_key, female_plant_id, male_plant_id, is_root) VALUES (5,'family3AE',6,8,'N'); 
insert into ptst_family (id, family_key, female_plant_id, male_plant_id, is_root) VALUES (6,'family4AG',7,9,'N');
-- F3 Double Hybrid family:
insert into ptst_family (id, family_key, female_plant_id, male_plant_id, is_root) VALUES (9,'family5AEAG',10,11,'N');
      
-- PLANT Table DATA:
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (1,'NA',1);   -- Default place holder record
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (2,'f1A',1); 
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (3,'m2A',1);
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (4,'f3A',1);
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (5,'m4A',1);
-- Female Alba progeny:
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (6,'f7A',2);
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (7,'f8A',3);
-- Male/female Aspen Root level parents:
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (8,'m1E',1); 
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (9,'m1G',1);  
-- F1 Hybrid progeny:
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (10,'f1AE',5); 
insert into ptst_plant (id, plant_key,  id_family) VALUES (11,'m1AG',6);  

下面是2012年开发的pedigree.sql脚本：

WITH RECURSIVE expanded_family AS (
    SELECT
        f.id,
        f.family_key,
        pf.id_family    pf_family,
        pm.id_family    pm_family,
        f.is_root,
        f.family_key || '=(' || pf.plant_key || ' x ' || pm.plant_key || ')' pretty_print
    FROM ptst_family f
        JOIN ptst_plant pf ON f.female_plant_id = pf.id
        JOIN ptst_plant pm ON f.male_plant_id = pm.id
),
search_tree AS
(
    SELECT
        f.id,
        f.family_key,
        f.id family_root,
        1 depth,
        '>F1 ' || f.pretty_print  path
    FROM expanded_family f
    WHERE
        f.id != 1
        AND f.is_root = 'Y' 
    UNION ALL
    SELECT
        f.id,
        f.family_key,
        st.family_root,
        st.depth + 1,
        st.path || ' >F' || st.depth+1 || ' ' || f.pretty_print
    FROM search_tree st
        JOIN expanded_family f
            ON f.pf_family = st.id
            OR f.pm_family = st.id
    WHERE
        f.id <> 1
)
SELECT
    family_key,
    path
FROM
(
    SELECT
        family_key,
        rank() over (partition by family_root order by depth desc),
        path
    FROM search_tree
) AS ranked
--  WHERE rank = 1
WHERE path NOT LIKE '%(N/A x N/A)%' -- Remove rows with no filial output
ORDER BY family_key, path

下面是我的谱系表所需的输出，其中带有“@”前缀的子嗣：

ID  | Pedigree_key | Path
1 family2AA >F1 family2AA=(f3A x m4A)
2 family3AE >F1 family1AA=(f1A x m2A) >F2 family3AE=(@f7A x m1E)
3 family4AG >F1 family2AA=(f3A x m4A) >F2 family4AG=(@f8A x m1G)
4 family5AEAG >F1 family1AA=(f1A x m2A) >F2 family3AE=(@f7A x m1E) >F3 family5AEAG=(@f1AE x m1AG)
5 family5AEAG >F1 family2AA=(f3A x m4A) >F2 family4AG=(@f8A x m1G) >F3 family5AEAG=(f1AE x @m1AG)

Answer 1

我发现我可以通过单独的更新脚本来解决此问题，通过使用我的植物视图搜索 F2+ 家族来更改系谱表路径字符串，找到/验证亲本植物，然后在后代子代前面添加“@”字符。 这是一个有价值的练习，因为它迫使我深入挖掘，从不同的角度理解问题，然后用一个简单的 POC 来证明它，如下例所示：

Pedigree Path: >F1 41XAA91=(A10 x A73) >F2 99XAA10=(30AA5MF x AA4102)

psql r4p -c "select plant_key, family_key from avw_plant where family_key = '41XAA91' and plant_key = 'AA4102';"

Updated Path:  >F1 41XAA91=(A10 x A73) >F2 99XAA10=(30AA5MF x @AA4102)