使用GitHub,我们可以在线存储我们的代码,而使用Jupyter笔记本,我们只能执行一段Python代码。我想一起使用它们。我能够使用存储在我的计算机上的Jupyter笔记本编辑代码。但是,我无法找到一种方法来运行存储在GitHub上的代码。那么,你知道一种方法吗?
以下是一些例子:https://github.com/biolab/ipynb/blob/master/2015-bi/lcs.ipynb https://github.com/julienr/ipynb_playground/blob/master/misc_ml/curse_dimensionality.ipynb https://github.com/rvuduc/cse6040-ipynbs/blob/master/01--intro-py.ipynb
如%load
中所述,IPython Magic命令tip# 8 here将用外部脚本替换Jupyter笔记本单元格的内容。
源可以是您计算机上的文件或URL。
使用Github或Gist托管脚本的技巧是将其指向原始代码的URL。您可以通过浏览GitHub上的脚本并在代码上方的工具栏中按Raw
轻松获取该URL。结合从地址栏中提取的内容,得到以下内容:
%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py
当您在Jupyter笔记本单元格中执行它时,这会将代码拉入笔记本的命名空间。 有关通过GitHub或Gists here和here使用原始代码的更多信息。有关其他魔法命令的更多信息,请访问here。
同样,如果要将脚本作为文件引入,可以使用%run
(或命令行等效命令)在笔记本中调用,在笔记本单元格中使用curl
,脚本将添加到当前目录中。
!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py
或者,如果您希望其他人能够轻松运行该笔记本。 查看本自然文章MyBinder.org中突出显示的here。有关该服务的更多信息可以在here,here和here找到。
在MyBinder.org页面,您可以将服务指向任何Github存储库。但需要注意的是,除非它在笔记本中是相当普通的python,否则你会遇到依赖问题。你可以在here和here的指导下进行设置。 这是为了生成this launchable repo之后我分配了一个尚未设置为最初使用Binder系统的。另一个例子,这一个R代码,基于a gist shared on a twitter exchange可以看到here。
使用它,您可以获得一个Launch Binder
徽章,您可以将其添加到存储库并随时启动它。查看可以启动here的示例。
Github是一个用于版本和源代码控制的工具,您需要将代码的副本提供给本地环境。
有一个初学者的教程here
一旦您设置了github帐户并定义了本地和远程存储库,您就可以使用git checkout
检索代码。本教程中进一步说明