从我的Mac查询到Pandas DataFrame的DB2 sql

Question

我需要通过sql语句访问驻留在远程db2数据库中的数据，并将其转换为Pandas DataFrame。全部来自我的Mac。我看着使用Pandas的read_sql和ibm_db_sa适配器，但看起来Mac上不支持必备的客户端软件

我提出了一个jdbc选项，我正在发布，但我很想知道是否有其他人有任何想法

Answer 1

这是一个使用jdbc，pip可安装的JayDeBeApi和相应的db jar文件的选项

注意：这可以用于其他jdbc / jaydebeapi compliant databases，如Oracle，MS Sql Server等

import jaydebeapi
import pandas as pd

def read_jdbc(sql, jclassname, driver_args, jars=None, libs=None):
    '''
    Reads jdbc compliant data sources and returns a Pandas DataFrame

    uses jaydebeapi.connect and doc strings :-)
    https://pypi.python.org/pypi/JayDeBeApi/

    :param sql: select statement
    :param jclassname: Full qualified Java class name of the JDBC driver. 
        e.g. org.postgresql.Driver or com.ibm.db2.jcc.DB2Driver 
    :param driver_args: Argument or sequence of arguments to be passed to the
       Java DriverManager.getConnection method. Usually the
       database URL. See
       http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/java/sql/DriverManager.html
       for more details
    :param jars: Jar filename or sequence of filenames for the JDBC driver
    :param libs: Dll/so filenames or sequence of dlls/sos used as 
       shared library by the JDBC driver
    :return: Pandas DataFrame
    '''

    try:
        conn = jaydebeapi.connect(jclassname, driver_args, jars, libs)
    except jaydebeapi.DatabaseError as de:
        raise

    try:
        curs = conn.cursor()
        curs.execute(sql)

        columns = [desc[0] for desc in curs.description] #getting column headers

        #convert the list of tuples from fetchall() to a df
        return pd.DataFrame(curs.fetchall(), columns=columns) 

    except jaydebeapi.DatabaseError as de:
        raise

    finally:
        curs.close()
        conn.close()

一些例子

#DB2
conn = 'jdbc:db2://<host>:5032/<db>:currentSchema=<schema>;'
class_name = 'com.ibm.db2.jcc.DB2Driver'

sql = 'SELECT name FROM table_name FETCH FIRST 5 ROWS ONLY'

df = read_jdbc(sql, class_name, [conn, 'myname', 'mypwd'])

#PostgreSQL        
conn = 'jdbc:postgresql://<host>:5432/<db>?currentSchema=<schema>'
class_name = 'org.postgresql.Driver'
jar = '/path/to/jar/postgresql-9.4.1212.jar'

sql = 'SELECT name FROM table_name LIMIT 5'

df = read_jdbc(sql, class_name, [conn, 'myname', 'mypwd'], jars=jar)

Answer 2

我从https://stackoverflow.com/a/33805547/914967得到了一个更简单的答案，它只使用pip模块ibm_db：

import ibm_db
import ibm_db_dbi
import pandas as pd

conn_handle = ibm_db.connect('DATABASE={};HOSTNAME={};PORT={};PROTOCOL=TCPIP;UID={};PWD={};'.format(db_name, hostname, port_number, user, password), '', '')

conn = ibm_db_dbi.Connection(conn_handle)

df = pd.read_sql(sql, conn)

Answer 3

鲍勃，你应该看看ibmdbpy（https://pypi.python.org/pypi/ibmdbpy）。它是DB2和dashDB表的pandas数据框架样式API。它支持底层DB2客户端驱动程序，ODBC和JDBC。

因此，作为先决条件，您需要为Mac设置DB2客户端驱动程序包，您可以在此处找到：http://www-01.ibm.com/support/docview.wss?uid=swg21385217

Answer 4

在@IanBjorhovde对我的问题发表评论之后，我调查了另一个允许我使用sqlalchemy和pandas的read_sql（）的解决方案

这是我采取的步骤。注意：我在OSX Yosemite（10.10.4）上使用python 3.4和3.5

1）下载IBM DB2 Express-C（DB2的免费社区版）

https://www-01.ibm.com/marketing/iwm/iwm/web/pick.do?source=swg-db2expressc&S_TACT=000000VR&lang=en_US&S_OFF_CD=10000761

2）导航到解压缩的目录后

sudo ./db2_install  

我接受了/opt/IBM/db2/V10.1的默认位置

3）安装ibm_db和ibm_db_sa

pip install ibm_db

我从source构建了ibm_db_sa，因为安装的pip失败了

python setup.py install

应该这样做。当您尝试连接到数据库时，可能会收到“Reason：image not found”之类的错误，因此请阅读this以获取修复程序。注意：可能需要重新启动

用法示例：

import ibm_db_sa
import pandas as pd
from sqlalchemy import select, create_engine

eng = create_engine('ibm_db_sa://<user_name>:<pwd>@<host>:5032/<db name>')
sql = 'SELECT name FROM table_name FETCH FIRST 5 ROWS ONLY'
df = pd.read_sql(sql, eng)