不能使用R xlsx软件包

Question

我的R Studio版本是4.0。我安装了xlsx软件包，但是当我需要使用它时，出现错误：

library(xlsx)
Unable to find any JVMs matching version "(null)".
No Java runtime present, try --request to install.
Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: JVM could not be found
In addition: Warning messages:
1: In system("/usr/libexec/java_home", intern = TRUE) :
  running command '/usr/libexec/java_home' had status 1
2: In fun(libname, pkgname) :
  Cannot find JVM library 'NA/lib/server/libjvm.dylib'
Install Java and/or check JAVA_HOME (if in doubt, do NOT set it, it will be detected)

因此，根据此注释，我安装了'rJava'，并希望首先加载此软件包，但仍然出现错误：

library(rJava)
Unable to find any JVMs matching version "(null)".
No Java runtime present, try --request to install.
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: JVM could not be found
In addition: Warning messages:
1: In system("/usr/libexec/java_home", intern = TRUE) :
  running command '/usr/libexec/java_home' had status 1
2: In fun(libname, pkgname) :
  Cannot find JVM library 'NA/lib/server/libjvm.dylib'
Install Java and/or check JAVA_HOME (if in doubt, do NOT set it, it will be detected)

有人可以给我一些关于如何加载'xlsx'和'rJava'软件包的建议吗？谢谢。

Answer 1

xlsx程序包取决于rJava程序包，它需要有效安装Java运行时环境（JRE）。在安装rJava软件包之前，必须先安装Java Runtime Environment（JRE）。安装JRE的过程因操作系统而异，由于Oracle从2018年开始对Java的许可要求进行了更改，因此Oracle使此过程变得更加困难。

这里是我在约翰霍普金斯大学数据科学专业课程获取和清理数据

课程中编写的说明的摘要，早在2017年Common Problems: Java and xlsx package。

解决方案1：使用不需要Java的Excel Reader程序包

PRO TIP：解决此问题的最简单方法是使用不依赖Java的R包，例如openxlsx或readxl。

对于openxlsx，这很容易。

  install.packages("openxlsx")
  library(openxlsx)
  # read the help file to identify the arguments needed to 
  # correctly read the file
  ?openxlsx
  theData <- read.xlsx(...)
readxl可以使用相同的过程。 

  install.packages("readxl")
  library(readxl)
  # read the help file to identify the arguments needed to 
  # correctly read the file 
  ?readxl
  theData <- read_excel(...)
请注意，有一个补充包writexl，使人们可以编写Excel文件。 

解决方案2：安装Java和必需的R包

也就是说，对于那些想使用xlsx包处理Excel文件的人，有一些适用于Windows，Mac OSX和Ubuntu Linux的解决方案。

SOLUTION（Windows）：

从Oracle下载并安装最新版本的Java Runtime Environment。请注意，如果您正在运行R的64位版本，则需要安装Java运行时的64位版本。

解决方案（Mac OSX）：

从Mac OSX的较新版本开始，这变得更加复杂。在计算机上安装Java Development Kit后，需要遵循一组特定的命令。这些记录在rJava Issue 86 github page上。我提供了此解决方案的屏幕截图，供人们直接参考。

解决方案（Ubuntu）：

使​​用Ubuntu Advanced Packaging Tool安装Java，然后在R中重新配置Java。

  sudo apt-get install openjdk-8-jdk # openjdk-9-jdk has some installation issues
  sudo R CMD javareconf
然后在R / RStudio中安装xlsx软件包。 

  install.packages("xlsx")
Windows中的32位和64位Java

人们可能会遇到的另一个常见问题是计算机上安装的Java运行时环境版本与R版本（32位或64位）之间的不兼容。

例如，如果已安装R的64位版本，但已安装32位版本的Java Runtime Environment，则R将无法看到Java Runtime Environment，并生成与以下相同的“未安装Java错误”：如上所述。

SOLUTION：

可以通过installing the 64-bit version of Java Runtime for Windows或通过更改RStudio配置以使用R的32位版本来解决此问题。