Conda 环境编译期间出现 libcurl.so.4 未定义引用 __fdelt_chk@GLIBC_2.15 的错误

Question

我正在 Conda 环境中编译 C++/MPICXX 软件程序，其中包括以下要求（我当前拥有的版本）：

cmake (3.26.3)
openmpi (4.1.6)
h5pcc [mpi_openmpi_h457a7a6_3] (1.14.0) 
GCC and g++ compilers (14.2.0)

我的计算节点有以下操作系统：

Operating System: CentOS Linux 7 (Core)
Kernel: Linux 3.10.0-x.x.x.x86_64
Architecture: x86-64

我专门使用以下CMake命令进行编译：

cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=$CONDA_PREFIX/bin/mpicc \
          -DCMAKE_CXX_COMPILER=$CONDA_PREFIX/bin/mpicxx \
          -DCMAKE_PREFIX_PATH=$CONDA_PREFIX \
          -DCMAKE_INCLUDE_PATH=$CONDA_PREFIX/include \
          -DCMAKE_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib \
          -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$CONDA_PREFIX \

但是，我在编译/链接过程中收到以下错误：

$CONDA_PREFIX/bin/../lib/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/14.2.0/../../../../x86_64-conda-linux-gnu/bin/ld: $CONDA_PREFIX/lib/./
libcurl.so.4: undefined reference to `__fdelt_chk@GLIBC_2.15'
libcurl.so.4: undefined reference to `memcpy@GLIBC_2.14'
libcurl.so.4: undefined reference to `clock_gettime@GLIBC_2.17'

我已经做过的是：

1. 验证了GLIBC版本（我系统的GLIBC版本是2.17），并且我还验证了Conda

   libc.so.6

   位于

   $CONDA_PREFIX/x86_64-conda-linux-gnu/sysroot/lib64/libc.so.6

   。

2. 已在 Conda 环境中安装

   libcurl (8.2.1)

   。

3. 尝试手动将

   -lrt

   添加到链接器标志，但收到相同的错误。

4. 使用Conda环境

   ld (2.43)

   版本对比系统的

   /usr/bin/ld (version 2.27)

   。

什么可能导致这些带有

GLIBC

符号（如

__fdelt_chk@GLIBC_2.15

）的未定义引用错误，以及如何在 Conda 环境中解决这些错误？

Answer 1

我头痛三天后今晚刚刚解决了这个问题，哈哈！问题是所使用的链接器

ld

位于

/usr/bin

而不是

$CONDA_PREFIX/bin

。为了避免任何依赖关系混淆，我意识到我需要从头开始重新安装所有内容。

这就是我所做的：

1. 使用

   my_env

    创建一个名为 

   python=3.9
的新 conda 环境
2. 安装该程序的必要先决条件：

   conda install -y hdf5=*=mpi* gcc gxx openmpi cmake -c conda-forge

   。这应该安装 HDF5、OpenMPI 和 MPICXX 并行版本的依赖项。注意，

   conda lis

   中的HDF5应该指的是

   openmpi

   或

   mpi

   。这还应该为所述软件包下载适当的

   GLIBC

   。
3. 验证

   $CONDA_PREFIX/lib

   和

   $CONDA_PREFIX/include

   目录分别包含

   libmpi.so

   和

   libhdf5.so

   。具体文件路径可以参考

   CMakeLists.txt

   进行验证。

附注我上次尝试了类似的方法，但安装顺序不同（即将

hdf5=*=mpi*

放在最后或单独安装

gcc/gxx

）。为了将来参考，我建议一起下载所有依赖项并使用相同的通道以避免任何库混淆。