基于R脚本生成HTML报告，发生错误时停止执行脚本，生成包含该错误的报告？

Question

我正在尝试使用 rmarkdown::render() 从 R 脚本生成报告。如果我的脚本中有错误，我希望脚本停止，并且我希望呈现到那时为止的报告，包括错误。到目前为止，我有这个：

脚本 1

rmarkdown::render("Script 2")

脚本 2

#+ include = TRUE 
knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)
knitr::knit_hooks$set(error = function(x, ...) {
  knit_exit(); x
})
#+ 

stop("this is an error!")

message("this message shouldn't be displayed")

stop("second error")

这是输出的样子：

如您所见，脚本生成了包含所有错误的报告，但我想让它做的是在遇到第一个错误时停止执行脚本，然后生成包含该错误的 html 日志。在我的示例中，这意味着我不希望显示消息“不应显示此消息”或之后的任何内容。但是，使用示例脚本，消息是可见的，之后的所有内容都在输出中可见。

Answer 1

要使这个

error

钩子生效，需要设置chunk选项

error = TRUE

，例如，

knitr::opts_chunk$set(error = TRUE)