在Linux中安装RMySQL时如何选择MySQL版本

Question

我正在Docker容器中运行R应用程序，并希望使用RMySQL库连接到MySQL 8数据库。我可以使用mysql终端命令从容器连接到数据库，没有任何问题，但是当我在R脚本中调用dbConnect()时，出现未知的SSL连接错误（见下文）。

由于我在终端命令以及R脚本中使用相同的SSL证书，因此它必须与RMySQL使用的MySQL版本有关。我也需要在容器中安装MySQL 5.7，因为其他一些R软件包不能以其他方式构建。但是，根据下面的线程，您可以指定安装RMySQL时要使用的MySQL版本的目录：

adding RMySQL package to R fails (on Windows)?

所以我将$MYSQL_HOME设置为/etc/R/Renviron.site并称为install.packages('RMySQL',type='source')。

显然，您还需要复制一些.lib和.dll文件以使其在Windows中工作，但是在Linux上哪里可以找到等效的文件？

数据库处理程序脚本：

#' @import DBI
#' @import RMySQL

connectToDatabase <- function(myproject.db_config) {
  dbConfig <- read.properties(myproject.db_config)
  print(dbConfig)

  dbHandle <- dbConnect(
    MySQL(),
    dbname = dbConfig$databaseName,
    host = dbConfig$host,
    port = as.integer(dbConfig$port),
    user = dbConfig$user,
    password = dbConfig$password
  )
  return(dbHandle)
}

传递给read.properties()命令的配置文件：

host=domain.subdomain.de
port=3306
user=john.doe
password=mypassword
databaseName=my_db
ssl-ca=/staging/mysql-ssl/ca.pem
ssl-cert=/staging/mysql-ssl/client-cert.pem
ssl-key=/staging/mysql-ssl/client-key.pem

R中的错误消息：

connection_create中的错误（主机，用户名，密码，dbname，as.integer（port）、：连接失败：SSL连接错误：错误编号未知

Answer 1

我自己找到了解决方案。 SSL证书未应用在dbConnect()调用中。它们需要在mysql.cnf文件中定义，并在dbConnect()参数中传递给default.file：

dbHandle <- dbConnect(
    MySQL(),
    dbname = dbConfig$databaseName,
    host = dbConfig$host,
    port = as.integer(dbConfig$port),
    user = dbConfig$user,
    password = dbConfig$password,
    default.file = dbConfig$configFile
)

传递给read.properties()命令的配置文件：

host=domain.subdomain.de
port=3306
user=john.doe
password=mypassword
databaseName=my_db
configFile=/staging/config/mysql.cnf

mysql.cnf：

[mysqld]
ssl-ca=/staging/mysql-ssl/ca.pem
ssl-cert=/staging/mysql-ssl/client-cert.pem
ssl-key=/staging/mysql-ssl/client-key.pem