使用dc.plot_network并且无法打印箭头

Question

我正在运行这个解耦器函数，它使用 TF 及其转录目标的精选集合的源和目标打印出一个网络。我已使用 Collectri 作为集合（网络），但是我无法获取源和目标之间的交互。

这是我遵循的教程：https://de Coupler-py.readthedocs.io/en/latest/notebooks/dorothea.html

这是我正在使用的函数和参数：

#curated collection of TFs and their transcriptional targets 
net = dc.get_collectri(organism='human', split_complexes=False)

dc.plot_network(
    net=net,
    n_sources=['PAX5', 'EBF1', 'RFXAP'],
    n_targets=15,
    node_size=100,
    s_cmap='white',
    t_cmap='white',
    c_pos_w='darkgreen',
    c_neg_w='darkred',
    figsize=(5, 5)
)

这是我得到的输出：

Answer 1

你可能已经解决了这个问题，但是我注意到node_size太大，导致节点被绘制在图之外。尝试设置较小的node_size，例如0.5或1。