在phyloseq中,有一个图叫做plot_net。 最基本的plot_net绘图代码如下所示:
data(enterotype)
#Eliminate samples with no entereotype denomination
enterotype = subset_samples(enterotype, !is.na(Enterotype))
plot_net(enterotype, maxdist = 0.1, point_label = NULL)
我正在尝试创建一个 RShiny 应用程序,允许用户更改此图形。
point_label 有几个不同的选项(例如:“SecTech”、“SampleID”、NULL)。
我已经有了这个标签的所有其他值,我只是不知道如何添加 NULL。
这可能无法运行,因为它不在闪亮的应用程序中,但我将其作为示例来说明问题。
library(shiny)
library(phyloseq)
# Data: This data contains info about nodes and edges on Phyloseq data.
data(enterotype)
#Eliminate samples with no entereotype denomination. Make it a lesson to
always catalogue data correctly from the start.
enterotype = subset_samples(enterotype, !is.na(Enterotype))
# a is the collection of variable names for point_label
a <- sample_variables(enterotype)
theme_set(theme_bw())
# Define UI for application that draws a network plot
shinyUI(fluidPage(
# Application title
titlePanel("Network Plots"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
selectInput("labelBy",
"Select the point label category",
***choices = c(a, "NA" = NULL),***
selected = "NA")
),
# Show a plot of the generated distribution
mainPanel(
plotOutput("netPlot")#,
#plotOutput("networkPlot")
)
)
))
shinyServer(function(input, output) {
output$netPlot <- renderPlot({
plot_net(enterotype, maxdist = .1, point_label = input$labelBy)
})
})
shinyApp(ui = ui, server = server)
这一行是我的问题:
选择 = c(a, "NA" = NULL)
如何将 NULL 添加到我的选择列表中。无论我如何尝试,NULL 始终被视为零值,并且它不会作为选项出现。
如果我将 NULL 写为“NULL”,phyloseq 函数plot_net 不会接受它。 它只需要值 point_label = NULL 就没有值。
我认为可以创建一个 if...else 循环,其中如果用户在 checkboxInput 上单击 NULL,则绘图将由第二行代码生成,指定 point_label 中的值为 NULL,但这可以是如果有多个变量可能具有 NULL 值,那真的很麻烦。
可能有一些明显的技巧,例如在 NULL 值前面放置 $ 或 %,但我找不到它。如果有人能帮忙那就太好了!
我不认为有办法在
NULL
中使用selectInput
。这是您几乎想出的替代方案 - 在 "None"
中使用 selectInput
(或任何其他替换值),并在绘图时用 NULL
进行切换。这样你就不用写多个if...else
。
# update on UI side
selectInput("labelBy",
"Select the point label category",
choices = c("None", a),
selected = "None")
# update on server side
output$netPlot <- renderPlot({
point_labels <- switch(input$labelBy, "None" = NULL, input$labelBy)
plot_net(enterotype, maxdist = .1, point_label = point_labels)
})
我可以问如果
labelBy
是使用 numericInput
的数字,解决方案是什么?默认值不能是数字,以避免用户混淆。
谢谢你