在Python中使用参数调用R函数

Question

我有一个 R 脚本，其中包含一个函数，例如 myfunction。我想在 Python 中运行这个 Rscript。我的 Rscript 取决于两个参数，例如 A 和 B。我该如何管理这个？这是我的 R 脚本。

myfunction= function(A,B){
  A=read.table(paste0(A,B))
  A=A[,1:3]
  A=data.frame(A)
  colnames(A)[1:3]=c('POS','REF','ALT')
  estimates=strain_p_estimates_likelihood(Data=A,n_iterations=10)
  write.csv(estimates,paste0(A,'estimates.csv'), row.names = FALSE)
}

我在 Python 中尝试了以下操作，但没有得到任何输出。如果我在 R 中运行 R 函数，就没有问题。

A='/home/Documents/projects/'
B='somefile.txt'

import subprocess
subprocess.call(['Rscript', '/home/ali/Documents/projects/current/strain/Ali/RinPython.R', A, B])

Answer 1

您可以使用

rpy

从 R 中调用函数：

代码存储在两个文件中：

# code.R

myfunction= function(A,B){
  A=read.table(paste0(A,B))
  A=A[,1:3]
  A=data.frame(A)
  colnames(A)[1:3]=c('POS','REF','ALT')
  estimates=strain_p_estimates_likelihood(Data=A,n_iterations=10)
  write.csv(estimates,paste0(A,'estimates.csv'), row.names = FALSE)
}

第二个：

# script.py
import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects import pandas2ri


A='/home/Documents/projects/'
B='somefile.txt'

r = robjects.r
r['source']('code.R') # preload code from the R file
# Loading the function we have defined in R.
myfunction_r = robjects.globalenv['myfunction']
myfunction_r(A, B) # this will call your R funciton