SnakeMake-检查configfile是否具有值

Question

我有一个脚本，可以通过一些参数通过

--config

标志，所以

config

不是空的，但是我想专门检查用户是否将文件传递给

--configfile

flag（或至少检查是否是否检查在代码中的某个时刻给出了configfile）。

这个想法是，如果未指定配置文件，将使用默认的配置文件。

已经有一个指令，它允许您在命令行上指定一个默认配置文件。

这是您需要的吗？如果没有，您可以更具体吗？可以检查命令行参数以查看是否通过，但这是一个坏主意。在多线程模式下，snakemake将多次运行蛇形主体内的任何python代码，如果代码每次都可以做不同的事情（例如。加载一个不同的配置文件），那么您可以产生非常烦恼且意外的结果.

Answer 1

configfile:

指令并想确定是否使用了默认文件或自定义文件，则可以在默认配置中添加“ _default：true”值，然后检测是否已设置该值。