改进以非交互方式渲染 R Markdown 时的 R 回溯

Question

过去，在以非交互方式渲染 R Markdown 时可以获得信息丰富的回溯，回溯只会显示 R Markdown 笔记本中代码的函数调用，只要笔记本包含此代码（在 Advanced R 2nd 中建议）版本）：

options(rlang_trace_top_env = rlang::current_env())
options(error = function() {
    sink()
    print(rlang::trace_back(bottom = sys.frame(-1)), simplify = "none")
})

但是，这种行为似乎在 R、knitr、rmarkdown 和 rlang 的新版本中消失了，相反，回溯包含大量 knit 和 rmarkdown 函数调用，但 R Markdown 源文件本身没有任何内容。

示例

这是一个简单的

notebook.Rmd

，它使用上面的代码并抛出错误：

---
title: "example notebook"
output:
    html_document
params:
    to_error: true
---

```{r setup}
options(rlang_trace_top_env = rlang::current_env())
options(error = function() {
    sink()
    print(rlang::trace_back(bottom = sys.frame(-1)), simplify = "none")
})
knitr::opts_chunk$set(message = FALSE)
```

```{r error}
throw_error <- function(to_error) {
    func(to_error)
}
func <- function(to_error) {
    if (to_error) stop('ERROR')
}
message(paste("to_error:", params$to_error, "(", class(params$to_error), ")"))
throw_error(params$to_error)
```

从终端渲染：

R -e "rmarkdown::render('notebook.Rmd')"

其中全局错误选项是

NULL

:

getOption('error')

空

旧版本的预期行为

旧版本：

• R：4.1.0
• 降价：2.9
• 编织者：1.33
• rlang：0.4.11

输出很有帮助，仅在回溯中显示 R Markdown 文件中的代码：

processing file: notebook.Rmd
  |..................                                                    |  25%
  ordinary text without R code

  |...................................                                   |  50%
label: setup
  |....................................................                  |  75%
  ordinary text without R code

  |......................................................................| 100%
label: error
to_error: TRUE ( logical )
Quitting from lines 19-27 (notebook.Rmd) 
Error in func(to_error) : ERROR
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> throw_error -> func
    █
 1. └─global::throw_error(params$to_error)
 2.   └─global::func(to_error)
 3.     └─base::stop("ERROR")

Warning message:
In sink() : no sink to remove

较新版本的当前行为

但是对于新版本：

• R：4.4.1
• 降价：2.28
• 编织者：1.48
• rlang：1.1.4

输出非常详细，包括堆栈中的 rmarkdown 和 knit 调用，但最重要的是不包括 R Markdown 文件中的底层代码。

processing file: notebook.Rmd
  |..............................................................| 100% [error]Error in `func()`:
! ERROR
Backtrace:
  1. rmarkdown::render("notebook.Rmd")
  2. knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
  3. knitr:::process_file(text, output)
  6. knitr:::process_group(group)
  7. knitr:::call_block(x)
     ...
 14. base::withRestarts(...)
 15. base (local) withRestartList(expr, restarts)
 16. base (local) withOneRestart(withRestartList(expr, restarts[-nr]), restarts[[nr]])
 17. base (local) docall(restart$handler, restartArgs)
 19. evaluate (local) fun(base::quote(`<smplErrr>`))
     ▆
  1. ├─rmarkdown::render("notebook.Rmd")
  2. │ └─knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
  3. │   └─knitr:::process_file(text, output)
  4. │     ├─xfun:::handle_error(...)
  5. │     ├─base::withCallingHandlers(...)
  6. │     └─knitr:::process_group(group)
  7. │       └─knitr:::call_block(x)
  8. │         └─knitr:::block_exec(params)
  9. │           └─knitr:::eng_r(options)
 10. │             ├─knitr:::in_input_dir(...)
 11. │             │ └─knitr:::in_dir(input_dir(), expr)
 12. │             └─knitr (local) evaluate(...)
 13. │               └─evaluate::evaluate(...)
 14. │                 └─base::withRestarts(...)
 15. │                   └─base (local) withRestartList(expr, restarts)
 16. │                     └─base (local) withOneRestart(withRestartList(expr, restarts[-nr]), restarts[[nr]])
 17. │                       └─base (local) docall(restart$handler, restartArgs)
 18. │                         ├─base::do.call("fun", lapply(args, enquote))
 19. │                         └─evaluate (local) fun(base::quote(`<smplErrr>`))
 20. │                           └─base::signalCondition(cnd)
 21. └─knitr (local) `<fn>`(`<smplErrr>`)
 22.   └─rlang::entrace(e)
 23.     └─rlang::cnd_signal(entraced)
 24.       └─rlang:::signal_abort(cnd)
 25.         └─base::stop(fallback)

Quitting from lines 19-27 [error] (notebook.Rmd)

这些较新的软件包版本中的一个或某些是否出现了退化？或者我忽略了 R 环境的一些内容？ 如何获得仅显示 R Markdown 文件中的代码，但使用这些较新版本的 R、rmarkdown、knitr 和 rlang 的回溯？

编辑：我使用 conda 在两个不同的环境之间切换，并使用上面列出的 R 和软件包版本集。我能够在 macOS 和 Linux 上重现这一点。

Answer 1

事实证明这是评估包中的一个错误。自 evaluate v1.0.2.

起已修复

此外，Pos 开发者计划发布一个新的 rlang 补丁版本，它将产生所需的回溯树，而无需设置任何选项（参见拉取请求）。

评估 >=1.0.2 的新行为

processing file: notebook.Rmd
  |..............................................................| 100% [error]Error in `func()`:
! ERROR
Backtrace:
 1. global throw_error(params$to_error)
 2. global func(to_error)
    ▆
 1. ├─global throw_error(params$to_error)
 2. │ └─global func(to_error)
 3. │   └─base::stop("ERROR")
 4. └─base::.handleSimpleError(`<fn>`, "ERROR", base::quote(func(to_error)))
 5.   └─knitr (local) h(simpleError(msg, call))
 6.     └─rlang::entrace(e)
 7.       └─rlang::cnd_signal(entraced)
 8.         └─rlang:::signal_abort(cnd)
 9.           └─base::stop(fallback)

Quitting from lines 19-27 [error] (notebook.Rmd)