无法安装 VEP 依赖项

Question

我正在尝试安装 VEP，但在安装其依赖项时遇到困难。

我尝试按照此处的建议安装https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/index.html

cd ~/bin
git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep.git
cd ensembl-vep
perl INSTALL.pl

但我收到此错误：

ERROR: DBI module not found. VEP requires the DBI perl module to function

http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#requirements

因此，我然后尝试按照此处的建议安装 DBI https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#requirements

cpanm DBI

但我收到此错误：

Can't write to cpanm home '/Users/michaelflower/.cpanm': You should fix it with chown/chmod first.

如何使用 chown/chmod '修复'它？？

Answer 1

在 Ubuntu 20.04 上这对我有用：

sudo apt install libdbi-perl

但是后来我遇到了一堆其他错误，我通过执行这些操作依次解决了这些错误（我在每一步后都重新启动了安装，但我想如果你首先完成所有这些，那么它应该可以一次性完成）：

sudo apt update # Or you'll more errors
sudo apt install unzip
sudo apt install build-essential
sudo apt install libbz2-dev liblzma-dev zlib1g-dev
sudo apt install libcam-pdf-perl
cpan Bio::DB:HTS # Takes a while as well

这个perl模块要安装

cpan Bio::SeqFeature::Lite # Takes quite a while

要安装的：

cpan XML::DOM XML::Parser::PerlSAX XML::Twig

最终失败：

Files=109, Tests=72,  4 wallclock secs ( 0.28 usr  0.09 sys +  2.29 cusr  0.83 csys =  3.49 CPU)
Result: FAIL
Failed 103/109 test programs. 32/72 subtests failed.
make: *** [Makefile:837: test_dynamic] Error 255
  MIROD/XML-Twig-3.52.tar.gz
one dependency not OK (XML::Parser); additionally test harness failed
  /usr/bin/make test -- NOT OK
//hint// to see the cpan-testers results for installing this module, try:
  reports MIROD/XML-Twig-3.52.tar.gz

所以我尝试安装 XML::Parser

cpan XML::Parser

它也失败了

Note that if you build against a shareable library in a non-standard location
you may (on some platforms) also have to set your LD_LIBRARY_PATH environment
variable at run time for perl to find the library.

No 'Makefile' created  TODDR/XML-Parser-2.46.tar.gz
  /usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site -- NOT OK

我会再补充一些...

...好吧，我只是重新运行原始安装命令，它崩溃并显示一条新消息，它希望我安装 LWP::Simple。所以我这样做了，在我第一次尝试时，它因权限错误而崩溃，所以我添加了 sudo

sudo cpan LWP::Simple

重新开始安装...

perl INSTALL.pl

成功！

Answer 2

当我尝试从最后一步安装时遇到这样的问题，即

sudo cpan LWP::简单

错误： 功能系统(“/usr/bin/wget -O”/root/.cpan/sources/authors/01mailrc.txt.gz.tmp1884883”“http://www.cpan.org/authors/01mailrc.txt.gz” ”） 返回状态 4 (wstat 1024)，左 /root/.cpan/sources/authors/01mailrc.txt.gz.tmp1884883，大小为 0 警告：下载“/root/.cpan/sources/authors/01mailrc.txt.gz.tmp1884883”失败。放弃它。 没有可用的外部 ftp 命令

请检查我在您的配置文件中是否找到了 URL (http://www.cpan.org/) 有效。可以编辑 URL 列表。例如。与'o conf urllist 推送 ftp://myurl/'

无法获取作者/01mailrc.txt.gz

你介意帮助我吗，因为即使经过这么多的谷歌搜索，我也找不到任何可能的解决方案！