在matplotlib中绘制三列数组的轮廓

Question

我有一个三列数组，包含两个参数，即x和y轴，以及这两个参数的卡方。我应该对这两个参数进行网格化，然后考虑卡方值，绘制1-sigma，2-sigma和3-sigma等值线。我怎么能在matplotlib中做到这一点？这是我的代码：x（这是“1.txt”文件中的第二列）和y（这是第三列）应该从min到max排列，为了制作x和y轴，我想它可以使用meshgrid完成。而z（“1.txt”文件中的第一列）是卡方。

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.mlab import griddata
x = np.genfromtxt('1.txt', usecols=(1))
y = np.genfromtxt('1.txt', usecols=(2))
z = np.genfromtxt('1.txt', usecols=(0))
plt.figure()
X, Y = np.meshgrid(x,y) 
Z= griddata(x,y,z,X,Y)
contour=plt.contour(X,Y,Z)
plt.show()

此代码面对错误：“RuntimeError：要在griddata中使用interp ='nn'（自然邻域插值），必须安装natgrid。要么从http://github.com/matplotlib/natgrid安装它，要么使用interp ='linear'代替。”当我使用interp ='linear'时，运行代码将持续很长时间而没有任何结果。有什么方法可以解决这个问题吗？

Answer 1

看起来您正在创建列中所有值的“网格”。相反，您需要按递增顺序创建常规数字网格。例如。在数据的最小值和最大值之间使用100个值

X = np.linspace(x.min(), x.max(), 100)
Y = np.linspace(y.min(), y.max(), 100)
Z = griddata(x, y, z, xi, yi, interp='linear')
contour=plt.contour(X, Y, Z)

另见example。

但请注意，matplotlib.mlab.griddata已在较新版本的matplotlib中删除。 new example告诉你一些替代方案。

特别是考虑使用原始值x,y,z直接绘制三角形轮廓，

plt.tricontour(x,y,z)