如何让 rpy2 在 Linux 中成功安装或访问 tidyverse？

Question

我正在尝试在我的 Linux Mint 计算机上的 rpy2（版本 3.5.16）中使用 tidyverse。我认为有两种可能的方法可以完成此任务：(1) 使用已在 R 控制台和 RStudio 中运行的 tidyverse 安装，或 (2) 在 rpy2 中导入 tidyverse。我的偏好是使用第一个选项，这样我就可以为 R 和 Rpy2 中的任务应用相同的包集。

选项 1：导入预先存在的 tidyverse 包

我使用

sudo apt install r-base r-cran-tidyverse

在我的电脑中安装了 tidyverse。我相信此安装工作正常，因为以下代码不会在我的 R 控制台和 RStudio 中引发任何错误：

library(tidyverse)

但是，在 Jupyter 笔记本中运行以下 Python 代码会失败：

import rpy2
from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
survey = importr('survey')
srvyr = importr('srvyr')

错误信息：

PackageNotInstalledError: The R package "tidyverse" is not installed.

有没有办法可以将 Rpy2 指向我现有的 tidyverse 安装？

选项 2：使用 rpy2 安装 tidyverse 的新副本

这个选项对我来说也失败了。我尝试运行以下 Python 脚本：

import rpy2
from rpy2.robjects.packages import importr
# import R's "base" package
base = importr('base')

# import R's "utils" package
utils = importr('utils')
utils.install_packages('tidyverse')
print("Done!")

但是，安装过程几分钟后，出现了以下错误消息：

ERROR: dependencies ‘conflicted’, ‘ragg’, ‘reprex’ are not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/home/myusername/miniforge3/envs/myenv/lib/R/library/tidyverse’

我以为我可以通过单独安装软件包来解决这个问题，但是当我运行

utils.install_packages('conflicted')

时，我收到以下消息：

ERROR: dependency ‘memoise’ is not available for package ‘conflicted’

我也可以尝试手动安装

memoise

，但我认为该包反过来可能依赖于另一个丢失的包。有没有更简单的方法来自动安装这些缺失的软件包？

Answer 1

在尝试为 Linux 编译 tidyverse 时，我不断遇到错误消息。我还尝试使用 r2u 来安装 tidyverse，但我无法运行其安装脚本（可能是由于与我预先存在的 R 安装发生冲突）。因此，我尝试单独安装每个 tidyverse 软件包。这种方法似乎有效，因为以下每一行都成功运行：

utils.install_packages('dplyr')
utils.install_packages('tidyr')
utils.install_packages('readr')
utils.install_packages('ggplot2')
utils.install_packages('tibble')
utils.install_packages('stringr')
utils.install_packages('forcats')
utils.install_packages('lubridate')

此外，我还可以毫无问题地运行以下单元：

dplyr = importr('dplyr')
tidyr = importr('tidyr')
readr = importr('readr')
ggplot2 = importr('ggplot2')
tibble = importr('tibble')
stringr = importr('stringr')
forcats = importr('forcats')
lubridate = importr('lubridate')