Nextflow+Docker：没有这样的文件或目录，即使文件存在

Question

我正在尝试在 docker 容器内运行 nextflow 管道。出于需要，我将 docker 的套接字安装为 docker 卷。这是我的 docker 撰写文件：

pipeline:
    build:
      dockerfile: ./docker/pipeline/dockerfile
    volumes:
      - ./nextflow:/home/app/nextflow
      - ./data:/home/app/data
      - /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock

这样容器内的nextflow就可以下载所有docker镜像来运行管道了。

当我运行 nextflow 管道（即 nf-core/sarek）时，经过一段时间并下载了一些 docker 映像后，它给了我以下错误：

Command exit status:
  127

Command output:
  (empty)

Command error:
  /bin/bash: .command.run: No such file or directory

Work dir:
  /home/app/nextflow/work/e5/83f1be41789e7aa1f5b7fbc19851fc

Tip: you can replicate the issue by changing to the process work dir and entering the command `bash .command.run`

如果我进入容器内部，文件

.command.run

存在于消息提供的路径中，即

/home/app/nextflow/work/e5/83f1be41789e7aa1f5b7fbc19851fc

！

如果我尝试在其中运行

bash .command.run

，我会收到相同的错误消息：

/bin/bash: /home/app/nextflow/work/e5/83f1be41789e7aa1f5b7fbc19851fc/.command.run: No such file or directory

这是我使用的dockerfile：

FROM nextflow/nextflow:23.11.0-edge

RUN yum install -y python3 python3-pip python3-devel gcc openssl-devel libffi-devel python3-setuptools

RUN mkdir -p /home/app
COPY docker/pipeline /home/app

WORKDIR /home/app

RUN pip3 install -r requirements.txt

CMD ["gunicorn", "-b", "0.0.0.0:5000", "main:app"]

Answer 1

有同样的问题，除了我必须使用

path

来代替

val

来安装文件。

macOS 索诺玛 14.6.1 Nextflow 版本 24.10.0 内部版本 5928 Docker 版本 27.3.1，内部版本 ce12230