我想在Perl中发出find命令并循环生成文件路径。我正在尝试它(但没有运气):
my $cmd;
open($cmd, '-|', 'find $input_dir -name "*.fastq.gz" -print') or die $!;
while ($line = <$cmd>) {
print $line;
}
close $cmd;
有任何想法吗?
谢谢
你没有足够的逃避到*
角色。预先加上\
应该修复它。
最好不要通过分离参数来首先调用shell:
use warnings;
use strict;
open(my $cmd, '-|', 'find', $input_dir, '-name' ,'*.fastq.gz', '-print') or die $!;
while (my $line = <$cmd>) {
print $line;
}
close $cmd;
您的问题似乎是使用单引号。您的变量不会被插值,但变量名将按原样输入find
。
但为什么不使用File::Find
?
> perl -MFile::Find -lwe '
$foo = "perl";
find ( sub { /\.pl$/i or return; print $File::Find::name }, $foo);'
perl/foo.pl
perl/parsewords.pl
perl/yada.pl
这里,wanted
子例程只是与文件名匹配的模式。除非扩展名是.pl
,否则我们从子例程退出(返回),否则我们用相对路径打印文件名。
如果你这样做的话
print 'find $input_dir -name "*.fastq.gz" -print';
问题应该变得明显:单引号不插入。你可能想做
open(my $cmd_fh, '-|', qq{find $input_dir -name "*.fastq.gz" -print}) or die $!;
但那也是错误的。您不会将$input_dir
转换为shell文字。有两种解决方案。
use String::ShellQuote qw( shell_quote );
my $cmd = shell_quote("find", $input_dir, "-name", "*.fastq.gz", "-print");
open(my $cmd_fh, '-|', $cmd) or die $!;
要么
my @cmd = ("find", $input_dir, "-name", "*.fastq.gz", "-print");
open(my $cmd_fh, '-|', @cmd) or die $!;
要读取命令的输出,请使用backtick operator。
my $command = "find $inputdir ..."; # interpolate the input directory
my $output = `$command`; # be careful here
my @lines = split /\n/ => $output; # split in single lines
for my $line (@lines) { # iterate
# do something with $line
}
我认为它比管道更好阅读。缺点是它会阻塞,所以如果你想处理大量输出的大量输出字符串,那么管道方法可能会更好。
但您可能想要使用适当的模块。 File::Find(核心模块)应该符合您的需求。