matlab中“内存不足”错误的解决方案

Question

我有一个非常大的文本文件（大约11GB），需要在matlab中加载。但是当我使用“textread”函数时，会发生“内存不足”错误。并且无法减小文件大小。当我输入内存时，请向我显示。

memory
Maximum possible array:     24000 MB (2.517e+10 bytes) *
Memory available for all arrays:     24000 MB (2.517e+10 bytes) *
Memory used by MATLAB:      1113 MB (1.167e+09 bytes)
Physical Memory (RAM):     16065 MB (1.684e+10 bytes)

*  Limited by System Memory (physical + swap file) available.

有没有人有这个问题的解决方案？

Answer 1

@Anthony提出了一种逐行读取文件的方法，这很好，但是最新的（> = R2014b）版本的MATLAB具有datastore功能，用于处理大块数据文件。

根据文本文件的格式，有几种类型的datastore可用。在最简单的情况下（例如CSV文件），自动检测效果很好，您可以简单地说

ds = datastore('myCsvFile.csv');
while hasdata(ds)
    chunkOfData = read(ds);
    ... compute with chunkOfData ...
end

在更近期的（> = R2016b）MATLAB版本中，您可以更进一步将datastore包装成tall数组。 tall数组允许您操作太大而无法一次装入内存的数据。 （在幕后，tall数组以块的形式执行计算，只有当您通过调用gather请求它们时才会给出结果）。例如：

tt = tall(datastore('myCsvFile.csv'));
data = tt.SomeVariable;
result = gather(mean(data)); % Trigger tall array evaluation

Answer 2

根据您对代码目的的澄清：

它是txt文件中带有XYZRGB列的点云，我需要为此添加另一列。

我建议你做的是一次读取一行文本文件，修改行并将修改后的行直接写入新的文本文件。

要一次读一行：

% Open file for reading.
fid = fopen(filename, 'r');

% Get the first line.
line = fgetl(fid);
while ~isnumeric(line)
    % Do something.

    % get the next line
    line = fgetl(fid);
end
fclose(fid);

要编写该行，您可以使用fprintf。

这是一个演示：

filename = 'myfile.txt';
filename_new = 'myfile_new.txt';

fid = fopen(filename);
fid_new = fopen(filename_new,'w+');
line = fgetl(fid);
while ~isnumeric(line)
    % Make sure you add \r\n at the end of the string; 
    % otherwise, your text file will become a one liner.
    fprintf(fid_new, '%s %s\r\n', line, 'new column');
    line = fgetl(fid);
end
fclose(fid);
fclose(fid_new);