Python包含外壳程序路径文件名

Question

这是我在shell中的代码，并且包含python命令：

for file in `ls $FOLDER`
do
    echo "$file"
    var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read("**$FOLDER/$file**", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

而且我不知道如何使python识别我的文件名

Answer 1

您需要在python代码中转义双引号：

for file in `ls $FOLDER`
do
    echo "$file"
    var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read(\"$FOLDER/$file\", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

Answer 2

我看到一些常见的shell错误：

• Don't parse ls。采用

  ls

• 使用for file in "$FOLDER"/*; ... 而不是$(...)-易于阅读，易于嵌套。 `...`
• 摆脱使用ALLCAPS变量名的习惯，将那些保留为Shell保留。有一天，您将先写Reference，然后写PATH=something。