g++“忽略不存在的目录”，但实际上存在（仅适用于 CLion + Ninja）

Question

我有一些 C++ 源代码，其中包括以下行：

#include <Eigen/Core>

编译在这一行失败，并出现错误：（为简洁起见，我的源文件名/路径已被编辑。）

In file included from ___.h:8,
                 from ___.cpp:1:
____.hpp:5:10: fatal error: Eigen/Core: No such file or directory
    5 | #include <Eigen/Core>
      |          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~
compilation terminated.

奇怪的是，从命令行构建它（甚至使用 CLion 生成的 Ninja 文件）工作正常。

我的 CMakeLists.txt 包含以下内容：

include_directories("/usr/local/include" "/usr/local/opt/llvm/include"
        "/usr/include/eigen3" "/usr/include/eigen3/unsupported"
        "include/" "include/minidnn" )

最相关的是两条与特征相关的路径。在

/usr/include/eigen3

下是（我已经三重检查）一个名为

Eigen

的文件夹，其中有一个名为

Core

的文件。这就是我相信这个构建系统应该起作用的原因。如前所述，当不通过 CLion 构建时，这确实有效。

为了尝试调试此问题，我将

--verbose

添加到 g++ 标志中。这是结果：

ignoring nonexistent directory "/usr/local/include/x86_64-linux-gnu"
ignoring nonexistent directory "/usr/local/include"
ignoring nonexistent directory "/usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/include-fixed/x86_64-linux-gnu"
ignoring nonexistent directory "/usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/../../../../x86_64-unknown-linux-gnu/include"
ignoring nonexistent directory "/usr/local/include"
ignoring nonexistent directory "/usr/local/opt/llvm/include"
ignoring nonexistent directory "/usr/include/eigen3"
ignoring nonexistent directory "/usr/include/eigen3/unsupported"
#include "..." search starts here:
#include <...> search starts here:
 /home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/include
 /home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/include/minidnn
 /usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/../../../../include/c++/13.2.0
 /usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/../../../../include/c++/13.2.0/x86_64-unknown-linux-gnu
 /usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/../../../../include/c++/13.2.0/backward
 /usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/include
 /usr/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/13.2.0/include-fixed
 /usr/include/x86_64-linux-gnu
 /usr/include
End of search list.
Compiler executable checksum: 783eab82059e8c1c7db8dfb100492c35
In file included from /home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/include/minidnn/NetworkExecutor.h:8,
                 from /home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/semisync.cpp:1:
/home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/include/minidnn/ParameterContainer.h:5:10: fatal error: Eigen/Core: No such file or directory
    5 | #include <Eigen/Core>
      |          ^~~~~~~~~~~~
compilation terminated.

这看起来很奇怪。 g++ 声称“不存在”的大多数目录确实存在。例如，存在

/usr/local/include

和

/usr/include/eigen3

。这些文件/目录的权限看起来也可以接受：

drwxr-xr-x 1 root root 100 Feb  2  2022 /usr/include/eigen3/
drwxr-xr-x 1 root root 584 Feb  2  2022 /usr/include/eigen3/Eigen/
-rw-r--r-- 1 root root 12799 Feb  2  2022 /usr/include/eigen3/Eigen/Core

为了完整起见，以下是 Ninja（在 CLion 下）失败之前调用的完整命令。

/usr/bin/g++  -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/llvm/include -I/usr/include/eigen3 -I/
usr/include/eigen3/unsupported -I/home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/include 
-I/home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/include/minidnn -fopenmp -g --verbose 
-std=gnu++20 -fdiagnostics-color=always -MD -MT CMakeFiles/mininn.dir/semisync.cpp.o 
-MF CMakeFiles/mininn.dir/semisync.cpp.o.d -o CMakeFiles/mininn.dir/semisync.cpp.o 
-c /home/garby/Documents/code/cpp/shared-memory-sgd/semisync.cpp

如果我从终端手动运行此命令，该源文件将正确构建（！）我相信，这是问题的症结所在。在路径解析方面，CLion 一定做了一些奇怪的事情。它是否在某种容器内执行？...

（在写这篇文章时，我发现了答案。无论如何，我都会发布问题，并发布答案，以防其他人遇到同样的问题。）

Answer 1

就在我写到 CLion 好像在某种容器中运行时，我想起也许我是用 flatpak 安装的。我通常会尝试避免使用 Flatpak（正是由于此类问题），但这里确实是这种情况。

Flatpak 限制应用程序可以访问哪些目录，在这种情况下过于严格。这解释了 g++ 找不到包含目录。

理论上，我认为解决这个问题的方法可以是以下：

flatpak override --filesystem=host com.jetbrains.CLion

虽然这对我不起作用......我的解决方案是卸载 flatpak 的 CLion 并从下载的 tar 中运行它，我也不喜欢。