pip install pyspectra 找不到现有的 numpy 安装

Question

我想用 Python 分析近红外 (NIR) 光谱。我的光谱以 spc 文件格式 存储。所以我需要一个可以导入此类文件的工具。 “Pyspectra”似乎是一个很好的模块。但是，我无法在 Windows 10 计算机上使用 Python 3.12.5 和 pip 24.2 将其安装在全新的虚拟环境中。

pip install pyspectra

失败并显示错误消息：
“获取构建轮子的要求未成功运行”。

回溯的最后一行指出：
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy”的模块。

我使用

pip install numpy

安装了 numpy，并验证它可以与

import numpy as np

一起使用。这里没问题。我还确保我位于希望安装 pyspectra 的同一个虚拟环境中。

但我仍然无法导入 pyspectra。 Pip 继续声称它找不到 numpy。

这可能是“pyspectra 0.0.1.2”和“numpy 2.1.2”之间的依赖问题吗？

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供参考：这是我在Windows命令行上的代码

# Create and activate a virtual environment
C:\user\...\Desktop>python -m venv venv
C:\user\...\Desktop>venv\scripts\activate

# Import numpy (to make sure it is installed)
(venv) C:\user\...\Desktop>py -m pip install numpy

# Import pyspectra
(venv) C:\user\...\Desktop>py -m pip install pyspectra
Collecting pyspectra
  Using cached pyspectra-0.0.1.2-py3-none-any.whl.metadata (12 kB)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\...\venv\lib\site-packages (from pyspectra) (2.1.2)
Collecting pandas (from pyspectra)
  Using cached pandas-2.2.3-cp312-cp312-win_amd64.whl.metadata (19 kB)
Collecting spc-spectra (from pyspectra)
  Using cached spc_spectra-0.4.0.tar.gz (8.6 kB)
  Installing build dependencies ... done
  Getting requirements to build wheel ... error
  error: subprocess-exited-with-error

  × Getting requirements to build wheel did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [24 lines of output]
      Traceback (most recent call last):
        [...]
        File "C:\Users\...\AppData\Local\Temp\pip-install-v_qa0rxl\spc-spectra_a351371d52ef45edbd585ef2843e5c1e\spc_spectra\spc.py", line 10, in <module>
          import numpy as np
      ModuleNotFoundError: No module named 'numpy'
      [end of output]

编辑：重写问题以使其更容易理解。

Answer 1

我自己想出来了。我回答我自己的问题，以防其他人尝试从 Python 中的 SPC 文件导入近红外光谱。这也可以作为一个有启发性的示例，说明如果有人从使用 R 进行数据科学转向使用 Python 而不了解 R 的 CRAN 和 Python 的 PyPI 软件存储库之间的区别，会发生什么情况。

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TL；DR：“PySpectra”已过时。使用“pyfasma-spc”代替。

问题
尽管与 numpy 无关，但这确实是一个不兼容问题。

PySpectra 需要安装“spc-spectra”。 spc-spectra 的 setup.py 文件与 Pip 版本 24.2 不兼容。我通过将 setup.py 的内容替换为以下代码，成功安装了该包的本地副本：

import setuptools

if __name__ == "__main__":
    setuptools.setup()

然后我就可以通过

pip install -e /.../spc_spectra-0.4.0

安装该软件包。之后我也可以执行

pip install pyspectra

而不会出现错误。

根本问题
重要的是要了解 R 的 CRAN 存储库和 Python 的 PyPI 的工作方式不同：

• CRAN 在接受包裹之前有严格的指导方针和检查。每次发布新版本的 R 时，它都会重复这些检查，并归档未通过检查的包。
• PyPI 在接受新包时更加宽松。仅当开发人员删除软件包或有人发出问题信号时，软件包才会被删除。

如果您有一个新任务（例如导入 SPC 文件）并简单地 pip install 您在 PyPI 上看到的下一个最佳软件包，您可能会面临安装过时代码或（在极少数情况下）甚至是完全恶意代码的风险。

PySpectra 于 2020 年发布，此后没有收到任何更新。所需的 spc-spectra 软件包已于 2018 年发布，并且尚未收到任何更新。可以肯定地假设这两个软件包都不再被积极维护。

好消息是：Python 中有一个用于处理 SPC 文件的更新包：pyfasma-spc

该软件包有详细记录，最后更新于 2024 年。使用 Pip 版本 24.2 进行安装即可。从 SPC 文件导入数据在我的计算机上运行良好。