在R中用igraph绘制大型图形。

Question

我试图绘制一个有20万个节点和800万条边的网络。我使用的代码在这里。

library(igraph)
file.choose()
xlist<-read.graph("/Users/quyao/Desktop/redstar_relation.txt", format="ncol", directed=TRUE)
xlist
png('my_png.png', width = 1600, height =900)
plot(xlist)
dev.off()

我得到了这个

这样的图很难研究拓扑结构。你有什么建议吗？

由于节点和边太多，通过参数'layout'改变布局可能没有那么大的帮助。

用我的代码构建这张图片花了大约一个半小时，我怎样才能让它更快呢？

非常感谢。

Answer 1

可以考虑使用其他软件进行可视化。我一般用Gephi来做图，幅度不超过15万个节点。

然而这真的取决于你的机器有多少内存（我的机器有8GB）。也可以通过修改配置文件来扩大Gephi的RAM分配（它不像RStudio那样自动分配。