将收集功能应用于多个csv文件，将每个输入转换为在R中具有相应名称的输出文件

Question

我使用“ list.files”函数将很多csv文件制成列表：

list.files("C:/Users/gyero/Documents/daphnia/SUMMARY_CHIMP")

我想在每个文件上使用collect（）函数，然后使用sink（）为每个csv文件生成单独的输出。我需要某种方法来识别哪个输出文件对应于哪个输入文件。

要遍历文件，我在使用lapply（）时遇到了裂痕

lapply(list.files[1:33], function{gather(WELL,MEASURE,A1:D6)})

我不确定如何获取相应的输出文件名，因此我尝试在lapply函数之前添加以下代码，以便至少输出文件具有唯一的名称并且不会被覆盖：

sink('DATA.CSV')
paste0(Sys.time(),'DATA.CSV')

但是，我对此很陌生，并且拖网了之后，我仍然无法实现我的目标（以上操作无效）。我将非常感谢任何能抽出时间帮助绝望的菜鸟的人。

Answer 1

您可以尝试：

file_names <- list.files("C:/Users/gyero/Documents/daphnia/SUMMARY_CHIMP", 
                          full.names = TRUE)

lapply(file_names, function(x) {
    df <- read.csv(x)
    write.csv(tidyr::gather(df,WELL,MEASURE,A1:D6), 
              paste0(sub("\\.csv", "", basename(x)), "_output.csv"))
})

如果文件夹中有"A.csv"，"B.csv"之类的文件，则将使用"A_output.csv"，"B_output.csv"创建新文件。另外，请注意，gather已被淘汰，现在已被pivot_longer取代。