在Windows 10 64位，Python 3.6上安装pygraphviz

Question

好的，我们在这里......我正在尝试在Windows 10上安装pygraphviz。这个问题在网上有很多解决方案，但还没有一个对我有用。我遇到的确切问题是通过jupyter笔记本 - >

[1] import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout

[2]G = nx.DiGraph()
G.add_node(1,level=1)
G.add_node(2,level=2)
G.add_node(3,level=2)
G.add_node(4,level=3)

G.add_edge(1,2)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,4)

nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
    node_color=range(len(G)),
    prog='dot')
plt.show()

在[2]后我得到以下错误：

ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py 
in 
pygraphviz_layout(G, prog, root, args)
    254     try:
--> 255         import pygraphviz
    256     except ImportError:

ModuleNotFoundError: No module named 'pygraphviz'

和

ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-86a15892f0f0> in <module>()
  9 G.add_edge(2,4)
 10 
---> 11 nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
 12         node_color=range(len(G)),
 13         prog='dot')

C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py in graphviz_layout(G, prog, root, args)
226 
227     """
--> 228     return pygraphviz_layout(G,prog=prog,root=root,args=args)
229 
230 def pygraphviz_layout(G,prog='neato',root=None, args=''):

C:\Users\name\Anaconda3\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_agraph.py in pygraphviz_layout(G, prog, root, args)
256     except ImportError:
257         raise ImportError('requires pygraphviz ',
--> 258                           'http://pygraphviz.github.io/')
259     if root is not None:
260         args+="-Groot=%s"%root

ImportError: ('requires pygraphviz ', 'http://pygraphviz.github.io/')

这是我试图解决的问题

（1）常规pip安装：“pip install pygraphviz”这是我最后得到的错误。编辑我得到相同的错误，即使我以管理员身份运行cmd。

Command "C:\Users\name\Anaconda3\python.exe -u -c "import setuptools, 
tokenize;__file__='C:\\Users\\name~1\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-
n81lykqs\\pygraphviz\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)
(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, 
__file__, 'exec'))" install --record C:\Users\name~1\AppData\Local\Temp\pip-
b3jz1lk5-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --
compile" failed with error code 1 in C:\Users\name~1\AppData\Local\Temp\pip-
build-n81lykqs\pygraphviz\

（2）下载并安装graphviz-2.38.msi，然后下载64位版本的滚轮。这是结果。

C:\Users\name\Anaconda3>pip install pygraphviz-1.3.1-cp34-none-
win_amd64.whl
pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl is not a supported wheel on this 
platform.

C:\Users\name\Anaconda3>pip install pygraphviz-1.3.1-cp27-none-
win_amd64.whl
pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl is not a supported wheel on this 
platform.

我想尝试一下，但不确定如何正确做到：

编辑setup.py。我已经阅读了很多关于人们在改变路径时找到解决方案的内容，但我不确定如何做到这一点。这种方法看起来非常复杂。

感谢您的帮助/见解！

Answer 1

投票最多的答案似乎是安装graphviz，而不是pygraphviz。

如果您使用的是conda环境，可以尝试使用此频道：

conda install graphviz pygraphviz -c alubbock

我用networkx 2.1试了一下，它工作得很好。

Answer 2

在Windows 10 64位和Python 3.6上解决了它。

脚步：

从graphiviz网站下载Graphviz for windows。
在Windows路径中添加Graphviz bin路径C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin。
关闭并重新打开终端，以便识别路径更改。
下载graphviz python 3.6 wheel。
安装graphviz滚轮。 pip install graphviz-0.8.3-py2.py3-none-any.whl
完成！

Answer 3

更新了回购：[GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/Windows/PyGraphviz。为Python添加了.whls（win_amd64，win32）：

3.7
3.6
3.5

对于Python 2.7，它们已经构建：[UCI.LFD]: Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages - PyGraphviz, an interface to the Graphviz graph layout and visualization package.。

笔记：

在某些（我猜，大多数）情况下，在运行PyGraphviz的系统上将需要Graphviz安装，因为PyGraphviz使用了Graphviz的一些工具（可执行文件）。它们可以下载或构建（它们不必匹配PyGraphviz架构（32位，64位），因为它们被调用）
此外，修复了一个错误（存在于以前的版本中）
查看[SO]: pygraphviz 1.5 default edge no arrow? (@CristiFati's answer)了解更多详情

任何想要了解有关构建过程的更多详细信息的人，请继续阅读！

1. Intro

差不多2年后，问题（嗯，问题不完全如此）仍然存在。

我想首先强调两个包之间的区别：

[PyPI]: pygraphviz - Download files：有问题的那个
[PyPI]: graphviz - Download files :(一个更简单的）名字相似的人

在Anaconda环境中，[SO]: Installing PyGraphviz on Windows 10 64-bit, Python 3.6 (@TomHanks's answer)完美运作。

pygraphwiz只能下载一个存档（在本例中为.zip）文件，这意味着它包含（C / C ++）源。

关于包（.whls）的几个词，其名称包含cp34-none-win_amd64之类的东西（详情请查看[SO]: What does version name 'cp27' or 'cp35' mean in Python? (@WayneWerner's answer)）：

它们包含二进制文件（.so或.pyd（.dll）），它们与特定的Python库链接它们只适用于那个Python版本（因此34不适用于Python 3.6）甚至是某种方式“outmarts”pip并设法安装这样的软件包（实际上并不那么难），它会在导入时失败，或者更糟糕的是，它很可能会崩溃Python

现在，许多软件包都有预先构建的二进制文件，用于在各种操作系统上运行的大多数常见Python版本（例如[PyPI]: mysql-connector-python - Download files），但正如许多软件包那样，并且只包含源代码。不幸的是，PyGraphviz属于第二类。对于后者，pip install将：

下载来源
在本地构建源通常需要C（C ++）编译器：尼克斯上的gcc VStudio赢了他们可能有其他依赖关系
安装构建的文物（二进制文件和.py（c）文件）

作为旁注：pip -v ...为当前命令启用详细模式，在遇到安装错误时非常方便。

回到我们的问题：Python 3.6需要VStudio 2015（[Python.Wiki]: WindowsCompilers）。这是一个非常广泛的主题，我在以下部分介绍了：

您应该在继续之前检查它们并保持它们打开，因为您在接下来的步骤中肯定需要它们。

我安装了VStudio 2015社区（在许多其他版本中），你也应该安装它，它是免费的（[MS.VStudio]: Still want an older version?）。

PyGraphviz依赖于[Graphviz]: Graph Visualization Software。因此，在构建时，它将需要（部分）Graphviz（它也有自己的其他依赖项）已经构建。不幸的是，我找不到预建的二进制文件（有[Graphviz]: Windows Packages - graphviz-2.38.zip，但这没有帮助），所以它必须手动构建。

在继续之前：

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" -c "import pygraphviz"
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'pygraphviz'

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b
other
src

这是我的顶级目录，任何源都下载在src目录中，二进制文件将放在bin目录中。

2. Build Graphviz

在开始之前，我想提一下，我非常依赖Cygwin（你没必要），我的一些工具安装在那里，所以我将在Cygwin和cmd终端之间交替（这可能会令人困惑）。

[Graphviz]: Graphviz Build Instructions for Windows说：

在Windows上构建：

（Graphviz版本≥2.41）

首先，在存储库的根目录中，执行git submodule update --init。这将下载所有子模块，这些子模块主要是Windows构建的依赖项。接下来，将windows \ dependencies \ graphviz-build-utilities目录添加到PATH（并重新启动Visual Studio或之后执行msbuild的提示）。此文件夹包含Bison，Flex和SED（以及将来添加的）工具以及经过测试的版本。如果一切顺利，现在已设置依赖项，您可以构建Graphviz。

首先，我们需要下载所有内容：

[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git clone https://gitlab.com/graphviz/graphviz.git .
Cloning into '.'...
remote: Enumerating objects: 71728, done.
remote: Counting objects: 100% (71728/71728), done.
remote: Compressing objects: 100% (19331/19331), done.
remote: Total 71728 (delta 52200), reused 71681 (delta 52157)
Receiving objects: 100% (71728/71728), 163.79 MiB | 480.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (52200/52200), done.
Checking out files: 100% (3870/3870), done.
[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git submodule update --init
Submodule 'dependencies/criterion' (https://github.com/Snaipe/Criterion.git) registered for path 'dependencies/criterion'
Submodule 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities' (https://github.com/ErwinJanssen/graphviz-build-utilities.git) registered for path 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities'
Submodule 'windows/dependencies/libraries' (https://github.com/ErwinJanssen/graphviz-windows-dependencies.git) registered for path 'windows/dependencies/libraries'
Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/dependencies/criterion'...
Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/windows/dependencies/graphviz-build-utilities'...
Cloning into '/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz/windows/dependencies/libraries'...
Submodule path 'dependencies/criterion': checked out '301d143ea42c024f22b673b69c72a4cb3c8d151f'
Submodule path 'windows/dependencies/graphviz-build-utilities': checked out '050fff84ce195e0740878748760fd801eeb07b23'
Submodule path 'windows/dependencies/libraries': checked out '141d3a21be904fa8dc2ae3ed01d36684db07a35d'
[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git show head
commit 89292b5945933b1501293c04894ed9cf886241be (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD)
Merge: 429d43615 97811bd35
Author: Stephen C North <[email protected]>
Date:   Mon Feb 4 08:09:40 2019 -0500

    Merge branch 'wasbridge/graphviz-master' into HEAD

[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.

nothing to commit, working tree clean

你最终会得到一个含有~320 MiB东西的目录。 dir包含graphviz.sln文件，该文件是包含63个项目的VStudio（2015）解决方案文件。

看看Anaconda或Python 2.7 pygraphviz（内置）软件包，它只依赖于cgraph.dll，而cgraph.dll依赖于cdt.dll，因此只有2个项目与我们相关。请注意，这两个项目可能不需要所有的git子模块（因此dir可能会被削减），但我没有进一步调查。

不幸的是，这些项目仅配置为32位（Win32平台）。必须手动添加64位一个（我是从VStudio IDE中完成的 - 并且还在我引用的一个答案中描述了该过程）。保存项目后，它们将显示为由git修改：

[cfati@cfati-5510-0:/cygdrive/e/Work/Dev/StackOverflow/q045093811/src/graphviz]> git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.

Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
  (commit or discard the untracked or modified content in submodules)

        modified:   lib/cdt/cdt.vcxproj
        modified:   lib/cgraph/cgraph.vcxproj
        modified:   windows/dependencies/graphviz-build-utilities (modified content)

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

第3项是因为我需要重置2个可执行文件的一些安全权限（在构建cgraph时使用）：

bison.exe
flex.exe

没有正确设置（很可能，因为Cygwin）。

您可以从IDE构建2个项目，但我选择命令行（[Ms.Docs]: MSBuild command-line reference），因为我发现它更灵活：

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "c:\Install\x86\Microsoft\Visual Studio Community\2015\vc\vcvarsall.bat" x64

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set PATH=%PATH%;%CD%\src\graphviz\windows\dependencies\graphviz-build-utilities

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> msbuild src\graphviz\lib\cdt\cdt.vcxproj /t:Rebuild /p:Platform=x64;Configuration=Release;SolutionDir=%CD%\src\graphviz\;OutDir=%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz\ >build_cdt_064.txt 2>&1

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> echo %errorlevel%
0

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b
bin
build_cdt.txt
other
src

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> msbuild src\graphviz\lib\cgraph\cgraph.vcxproj /t:Rebuild /p:Platform=x64;Configuration=Release;SolutionDir=%CD%\src\graphviz\;OutDir=%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz\ >build_cgraph_064.txt 2>&1

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> echo %errorlevel%
0

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> dir /b "bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz"
cdt.dll
cdt.dll.lastcodeanalysissucceeded
cdt.exp
cdt.lib
cgraph.dll
cgraph.dll.lastcodeanalysissucceeded
cgraph.exp
cgraph.lib

因此，我们拥有所需的一切（2 .lib和2 .dll文件）以便继续。

3. Build PyGraphviz

PyGraphviz来源（从[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - (pygraphviz-1.5) pygraphviz-pygraphviz-1.5.zip下载并在src / pygraphviz / pygraphviz-pygraphviz-1.5中解压缩）。

Graphviz还需要进行一次调整（可能是作为另一个项目的一部分 - 安装步骤完成）：准备头文件：

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> mkdir include\graphviz

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> copy src\graphviz\lib\cdt\cdt.h include\graphviz
        1 file(s) copied.

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> copy src\graphviz\lib\cgraph\cgraph.h include\graphviz
        1 file(s) copied.

不幸的是，由于[GitHub]: pygraphviz/pygraphviz - Python 3 support，PyGraphviz没有建立OOTB。要解决这个问题，必须使用[GitHub]: eendebakpt/pygraphviz - Workaround for PyIOBase_Type for Python2 on win。我修改它以使用当前源（因为它不起作用OOTB，以及：仅对于graphviz_wrap.cpp的X（）：

pygraphviz-1.5全pyiobase_b85d12ac22d39063f7dbcc396e825c563431e352.patch：

--- pygraphviz/graphviz_wrap.c.orig 2018-09-10 16:07:12.000000000 +0300
+++ pygraphviz/graphviz_wrap.c  2019-02-26 18:05:20.281741400 +0200
@@ -2988,7 +2988,18 @@


 #if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
-extern PyTypeObject PyIOBase_Type;
+static PyObject *PyIOBase_TypeObj;
+
+static int init_file_emulator(void)
+{
+  PyObject *io = PyImport_ImportModule("_io");
+  if (io == NULL)
+    return -1;
+  PyIOBase_TypeObj = PyObject_GetAttrString(io, "_IOBase");
+  if (PyIOBase_TypeObj == NULL)
+    return -1;
+  return 0;
+}
 #endif


@@ -3449,7 +3460,7 @@
   {
 #if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000 || defined(PYPY_VERSION)
 #if !defined(PYPY_VERSION)
-    if (!PyObject_IsInstance(obj0, (PyObject *)&PyIOBase_Type)) {
+    if (!PyObject_IsInstance(obj0, PyIOBase_TypeObj)) {
       PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "not a file handle");
       return NULL;
     }
@@ -3523,7 +3534,7 @@
   {
 #if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000 || defined(PYPY_VERSION)
 #if !defined(PYPY_VERSION)
-    if (!PyObject_IsInstance(obj1, (PyObject *)&PyIOBase_Type)) {
+    if (!PyObject_IsInstance(obj1, PyIOBase_TypeObj)) {
       PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "not a file handle");
       return NULL;
     }
@@ -6051,6 +6062,12 @@

   SWIG_InstallConstants(d,swig_const_table);

+#if PY_VERSION_HEX >= 0x03000000
+  if (init_file_emulator() < 0) {
+    return NULL;
+  }
+#endif
+
   PyDict_SetItemString(md,(char*)"cvar", SWIG_globals());
   SWIG_addvarlink(SWIG_globals(),(char*)"Agdirected",Swig_var_Agdirected_get, Swig_var_Agdirected_set);
   SWIG_addvarlink(SWIG_globals(),(char*)"Agstrictdirected",Swig_var_Agstrictdirected_get, Swig_var_Agstrictdirected_set);

这是一个差异（补丁）。请参阅[SO]: Run/Debug a Django application's UnitTests from the mouse right click context menu in PyCharm Community Edition? (@CristiFati's answer)（修补utrunner部分）了解如何在Win上应用补丁（基本上，每个以一个“+”符号开头的行都会进入，并且以“ - ”符号开头的每一行都会消失）。

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set _TOP_DIR=%CD%

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> pushd src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> pushd pygraphviz && "c:\Install\x64\Cygwin\Cygwin\AllVers\bin\patch.exe" -p 1 -buNi ..\pygraphviz-1.5-all-pyiobase_b85d12ac22d39063f7dbcc396e825c563431e352.patch && popd
patching file graphviz_wrap.c

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> echo %errorlevel%
0

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" setup.py install --include-path=%_TOP_DIR%\include --library-path=%_TOP_DIR%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz >%_TOP_DIR%\install_pygraphviz_064.txt 2>&1

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> echo %errorlevel%
0

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811\src\pygraphviz\pygraphviz-pygraphviz-1.5]> popd

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> set PATH=%PATH%;%CD%\bin\Win\dynamic\064\UCRTv140\md\Release\graphviz

[cfati@CFATI-5510-0:e:\Work\Dev\StackOverflow\q045093811]> "e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\Scripts\python.exe" -c "import pygraphviz;print(dir(pygraphviz), \"\n\", pygraphviz.graphviz._graphviz)"
['AGraph', 'Attribute', 'DotError', 'Edge', 'ItemAttribute', 'Node', '__all__', '__author__', '__builtins__', '__cached__', '__date__', '__doc__', '__file__', '__license__', '__loader__', '__name__', '__package__', '__path__', '__revision__', '__spec__', '__version__', 'absolute_import', 'agraph', 'division', 'graphviz', 'print_function', 'release', 'test', 'tests', 'version']
 <module '_graphviz' (e:\Work\Dev\VEnvs\py_064_03.06.08_test0\lib\site-packages\pygraphviz\_graphviz.cp36-win_amd64.pyd)>

如图所示，该模块已成功导入。

作为评论，导入模块时必须具有2 .dll依赖关系（来自上一节），因此将其dir添加到％PATH％。当然这只是一个（跛脚）解决方法（获得），每次必须使用包时都不会发生这种情况。

我不知道（还）如何指示setup.py也将它们复制到包build / install目录中，所以作为替代方法（也是解决方法），必须在pygraphviz install dir中手动复制它们（在_graphviz.cp36旁边） -win_amd64.pyd，这是（在我的例子中）：“e：\ Work \ Dev \ VEnvs \ py_064_03.06.08_test0 \ lib \ site-packages \ pygraphviz”）。

4. Shortcut

由于整个过程很复杂，并且需要大量的手动干预和黑客攻击，因此我设法构建（使用较小的setup.py修改）（wheel）包。

我不知道一个简单的方法可以公开，所以（虽然我知道这是一个不好的做法，）我上传到[GitHub]: CristiFati/Prebuilt-Binaries - (master) Prebuilt-Binaries/Windows/PyGraphviz/pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl。你可以下载它，然后安装它（这是一种方式）：

"C:\Path\to\Python-3.6-amd64\pip" install "C:\Path\to\downloaded\pygraphviz-1.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl"

注意：它也适用于Anaconda环境！

Answer 4

这对我有用：

Win 7 AMD64

安装MSFT C++ compiler。
安装Anaconda for Win AMD64, Python3。
安装graphviz for Win。
将C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin添加到PATH环境变量中。
下载pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl。
使用Python 3.4版创建Conda环境：conda create --name digraphs python=3.4 anaconda。
输入环境：activate digraphs。
使用pip：pip install pygraphviz-1.3.1-cp34-none-win_amd64.whl安装pygraphviz。
运行示例：python ./gviz_simple.py。
退出环境：deactivate

我在github上写了一些关于它的东西。它很乱，使用风险自负：https://github.com/darkhipo/Easy-Digraph-Draw

在Windows 10 64位，Python 3.6上安装pygraphviz

问题描述投票：23回答：4

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