将 jupyter 笔记本代码的输出保存为“xyz.out”文件（使用 MEEP）

Question

我正在按照本教程进行电磁场求解器（https://mpb.readthedocs.io/en/latest/Python_Data_Analysis_Tutorial/）我在 python 上运行它，使用 jupyter 笔记本，因为它更容易调试且方便。现在有什么方法可以运行以下命令

unix% python mpb_tri_rods.py >& tri-rods.out

当我在 jupyter 笔记本中时？将结果保存为 .out 文件并进一步处理它们？注意：我也为此使用 wsl

Answer 1

将该命令转换为 IPython 和 Jupyter 使用的最直接方法是在笔记本中执行

!python mpb_tri_rods.py >& tri-rods.out

。该感叹号向 IPython/Jupyter 发出信号，要求其获取命令后的所有内容并在临时 shell 实例中运行它。

我还应该补充一点，您希望将使用

!python

调用的脚本与笔记本一起放在同一目录中。您也可以使用路径，但将其放在旁边是最简单的。

但这并不是在正在运行的 Jupyter Notebook 中正常运行 Python 脚本的方式。有一种更以 IPython/Jupyter 为中心、功能丰富的方式经常被使用。

我可以轻松地部分说明这是什么。尝试运行

!python mpb_quad_rods.py >& tri-rods.out

，而不是上面的命令。 Jupyter 似乎表明已运行并已完成，类似于在单元格中运行

2 + 2

时看到的情况。您会在单元格旁边看到一个数字，指示该单元格作为本次笔记本运行中的第 n 个单元格完成，其中

是您运行此命令的序列中的任何数字。在笔记本中，您不会看到任何错误，就像运行

pint("test")

时看到的那样。但是，如果您在笔记本中的新单元格中输入

cat tri-rods.out

，则在运行

python: can't open file '/home/jovyan/mpb_quad_rods.py': [Errno 2] No such file or directory

后，您应该会看到类似

!python mpb_quad_rods.py >& tri-rods.out

的内容。但在这里必须执行额外的

cat

步骤并不是非常具有交互性，而 IPython/Jupyter 被设计为具有交互性。

因此，通常要在 IPython/Jupyter 中运行脚本，您可以利用

%run

魔术命令，并执行类似

%run my_script.py

的操作，如果有输出或错误，它将显示在笔记本。

%run

魔法有额外的选项和标志，您可以使用我引用的文档中讨论的内容。但在 Jupyter 中，它的功能比所涵盖的还要丰富。例如，stderr 通道以粉色表示得更好，您甚至可以使用

%run notebook.ipynb

在当前笔记本内运行整个单独的笔记本。
（旁白：与

%run

一起使用的最好的标志之一是

interactive

标志，

-i

。想象一下，在你的笔记本中，你在一个单元格中有代码将变量

设置为

并且你'如果您有一个名为

print(a)

的脚本并使用

%run myscript.py

运行它，您会收到名称错误，因为默认情况下它会关闭该脚本，但如果您使用

 运行该脚本。 %run -i myscript.py

，它会起作用，因为它以交互方式运行，就像在当前笔记本命名空间中运行一样。）在你的情况下，它会是这样的，

%run mpb_tri_rods.py

一分钟后还有更多内容

如果您知道在哪里查看，那么您所询问的有关使用 Jupyter 运行 Python 脚本和控制 stdout 和 stderr 重定向的很多内容已经在 StackOverflow 上介绍了，例如 here（以及那里的其他几个答案）和。 ...更多即将到来

“对它们进行进一步的工作”...

您添加了“并对它们进行进一步的工作”这句话。这超出了您在标题中提出的要求，通常 StackOveflow 上会要求您将每篇文章限制为一个问题。但我会添加一些提示，因为命令行与 Jupyter 以及当您处理预计没有交互式会话的内容时可互换地使用它们，一开始导航可能会有点棘手...

您可以通过多种方式在 Jupyter 中查看生成的

.out

。如果您只需要查看开头或结尾来确定是否已制作，则可以分别执行

!head tri-rods.out

或

!tail tri-rods.out

。

!cat tri-rods.out

将向您展示笔记本内的全部内容。