向旧 R 包添加新函数时找不到 Rcpp C++ 二进制对象

Question

我正在 MacOS Sonoma 下运行最新的 R 和 Rcpp。 我正在尝试将新的函数调用 C++ 代码添加到一个非常旧的包 (Hmisc) 中，并使用 Rcpp::compileAttributes() 进行设置。 新的 R 函数对 C++ 二进制对象的 .Call() 会导致找不到对象。 这是我所拥有的：

• DESCRIPTION

  ：导入：Rcpp 和 LinkingTo：Rcpp

• NAMESPACE

  ：导出（'pMedian'）和useDynLib（Hmisc，.registration = TRUE，.fixes ='F_'）
  • .fixes='F_' 处理包中旧的 Fortran 二进制对象

• src/init.c

  ：对旧 Fortran 例程的多次引用，与新 C++ 例程无关

• src/RcppExports.cpp

  ：（

  RcppExports.o

  也存在），内容：

// Generated by using Rcpp::compileAttributes() -> do not edit by hand
// Generator token: 10BE3573-1514-4C36-9D1C-5A225CD40393

#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

#ifdef RCPP_USE_GLOBAL_ROSTREAM
Rcpp::Rostream<true>&  Rcpp::Rcout = Rcpp::Rcpp_cout_get();
Rcpp::Rostream<false>& Rcpp::Rcerr = Rcpp::Rcpp_cerr_get();
#endif

// hlqest
double hlqest(NumericVector x);
RcppExport SEXP _Hmisc_hlqest(SEXP xSEXP) {
BEGIN_RCPP
    Rcpp::RObject rcpp_result_gen;
    Rcpp::RNGScope rcpp_rngScope_gen;
    Rcpp::traits::input_parameter< NumericVector >::type x(xSEXP);
    rcpp_result_gen = Rcpp::wrap(hlqest(x));
    return rcpp_result_gen;
END_RCPP
}

• src/hlqest.cpp

  ：拥有包括

  // [[Rcpp::export]]

  在内的所有推荐代码，并且

  hlqest

  函数在交互式会话中运行良好，其中使用

  .cpp

  加载

  Rcpp::sourceCpp

  代码。

  hlqest.o

  也在那里。

• R/RcppExports.R

  ：包含以下内容，并且生成的 R 函数可以交互地运行良好，如上所述

hlqest <- function(x) {
    .Call(`_Hmisc_hlqest`, x)
}

• R/pMedian.r

  其中包含以下内容

#' Pseudomedian
#'
#' Uses fast C++ code from the `DescTools` package to compute the pseudomedian of a numeric vector.  The pseudomedian is the median of all possible midpoints of two different observations.  The C++ code is originally from Monahan and Moser.  The pseudomedian is also called the Hodges-Lehmann one-sample estimator.
#' @title pMedian
#' @param x a numeric vector
#' @param na.rm set to `TRUE` to exclude `NA`s before computing the pseudomedian
#'
#' @return a scalar numeric value
#' @export
#' @md
#' @seealso <https://dl.acm.org/doi/10.1145/1271.319414>, <https://www4.stat.ncsu.edu/~monahan/jul10>
#' @examples
#' x <- 1:5
#' pMedian(x)
#' # Compare with brute force calculation and with wilcox.test
#' median(outer(x, x, '+')) / 2
#' wilcox.test(x, conf.int=TRUE)

pMedian <- function(x, na.rm = FALSE) {
  if(na.rm) x <- x[! is.na(x)]
  n <- length(x)
  if(n == 0) return(NA_real_)
  if(n == 1) return(as.double(x))
  .Call(`_Hmisc_hlqest`, x)
}

构建二进制

Hmisc

包并加载该包后，我在运行

pMedian(1:5)

时收到以下错误：

Error in pMedian(1:5) : object '_Hmisc_hlqest' not found

。 如有任何帮助，我们将不胜感激。

Answer 1

这个想法是将

// [[Rcpp::export]]

放在你的函数

hlquest

之上。

RcppExports.cpp

和

RcppExports.R

然后做的是确保您可以进行 R 可调用

hlquest(x)

—— 因为这比上面显示的表达式更容易/更简单，即

.Call(`_Hmisc_hlqest`, x)

还有一两点需要注意的是

NAMESPACE

有一条线

useDynLib("Hmisc", .registration=TRUE)

因为上面的

.Call

不传递字符串并且不引用包。

我还发现，添加到现有包是最难的，因为对于没有

src/init.c

的“新”包，相应的条目会在

RcppExports.cpp

中自动创建，但如果我记得正确，

compileAttributes()

调用就会小心并且不会修改现有的

init.c

。 所以它很挑剔——但是如果你点了所有的 i-s 并交叉了所有的 t-s，它应该可以工作。