如何在 R 中的数据帧的许多列上迭代命令？

Question

我有一个命令：

t.test(df$gene1[1:20],df$gene1[21:40],alternative=c("two.sided"))

这会返回我的数据框中“gene1”列中两组之间的双边 t 检验： 第 1 组：第 1-20 行中的值 第 2 组：第 21-40 行中的值。

我想在 99 列上迭代此命令，以返回基因 1-99 中两组的 t 检验的 p 值。

我该怎么做？

是否有更好的命令来返回单列中特定值的双边 t 检验，其中不包括列的特定名称？

我已经尝试过：

lapply(df[-1], function(x) t.test(df$gene1[1:20],df$gene1[21:40],alternative=c("two.sided")))

返回 99 个 t 检验，但显然它们都在测试同一列：gene1。

Answer 1

您的

lapply

正在处理每一列，但您忽略了列数据。你说

function(x)

，所以使用

x

。

lapply(df[-1], function(x) t.test(x[1:20], x[21:40], alternative="two.sided"))